Для создания нового файла в формате MSF используйте "File" "New", затем импортируйте ваши данные, а после окончания работы сохраните выравнивание ("File" "Save As"). Для импорта последовательностей в одном из стандартных форматов (например, Fasta) используйте "File" "Import", отмечаете нужный формат и нажимаете "Import", после чего выбираете файл(ы) с последовательностями. ... Меню "Shade" позволяет менять способы раскраски. Shade" "Clear all shading" служит для снятия любой раскраски. ...