| |
|
|
Выравнивания принято представлять в виде специальным образом организованного
текста:
1) выравнивание разбивается на блоки определенной длины
(это удобно для вывода на монитор или на печать длинных выравниваний);
2) если выравнивание является частью документа Word, необходимо выбрать
шрифт с постоянной шириной символа, например, Courier; в HTML-документы
выравнивания, как правило, вставляются в виде преформатированного (тег <PRE>) текста;
3) над выравниванием в специальной строке
часто указываются номера позиций выравнивания
(с интервалом через 5, 10 или 20 букв);
нередко в начале и конце каждого блока указываются номера букв
в последовательностях (из-за присутствия гэпов номера букв в последовательностях
как правило не совпадают с номерами соответсвующих позиций выравнивания);
4) под выравниванием часто приводят строку, символы которой
характеризуют отдельные колонки, например консенсусную последовательность.
Существуют специальные редакторы выравниваний, например, GeneDoc.
GeneDoc создает и читает файлы *.msf. Файлы этого формата
(Multi-Sequence Format)
являются текстовыми и могут быть просмотрены, например, Viewer'ом Far'а;
в то же время
редактировать их "руками" нельзя. GeneDoc может импортировать данные из
других форматов, в том числе Fasta. GeneDoc не только позволяет редактировать
само выравнивание, но и помогает его визуальному анализу, например,
позволяет раскрашивать интересующие пользователя колонки или отдельные
буквы.
Основы работы с GeneDoc
- Для создания нового файла в формате MSF используйте
"File"→"New", затем импортируйте ваши данные, а после окончания
работы сохраните выравнивание ("File"→"Save As").
Импорт последовательностей
Для импорта последовательностей в одном из стандартных форматов
(например, Fasta) используйте "File"→"Import",
отмечаете нужный формат и нажимаете "Import", после чего выбираете файл(ы)
с последовательностями. Когда импорт завершен, нажимаете "Done".
Тем самым, прежде чем импортировать последовательности,
необходимо поместить их в файлы соответствующего формата.
Как выравнивать последовательности?
Первый способ.
Выполните двойной щелчок левой кнопкой мыши по букве. После этого
можно использовать клавиши Ins и Del для, соостветственно,
вставки и удаления гэпов; стрелки для перемещения.
Второй способ.
Нажмите <Ctrl+A>, после чего можно "цеплять" мышью
часть последовательности и двигать ее вправо или влево.
Раскраска выравнивания
Меню "Shade" позволяет менять способы раскраски.
"Shade" → "Clear all shading" служит для снятия любой раскраски.
При выполнении задания 3 необходимо снять флажок
"Enable Similarity Group" в меню "Shade".
"Shade" → "Conservation mode" откроет таблицу,
которая позволит Вам выбрать желаемый тип совпадения ("Conserved"),
цвет буквы и цвет фона ("Primary colours").
"Уровень раскраски" (shade levels) подберите экспериментально,
используя кнопки "0", "2", "3", "4" в третьей строчке панели управления.
Добейтесь того, чтобы программа закрашивала те столбцы,
в которых аминокислотные остатки в 2-х последовательностях совпадают.
Прочее "Project"→"Configure"
откроет таблицы для конфигурации.
Здесь Вы найдете все: и длину блока, и наличие консенсуса,
и интервал разметки, и многое другое...
|
|