... Bioinformatics Portal . GeneBee . ... Bioinformatics Portal of A.N.Belozersky Institute, . Moscow State University . Supported by the Russian Foundation for Basic Research, grant 13-07-00969-a . Original Services of GeneBee Group . Databanks screening . Sequence analysis . Screening by keywords . AliBee Multiple alignment Release 3.0 . AliGraf Graphical Alignment . AliComp Alignments Comparison . Screening by similarity Release 3.0 . ...
S .. ... a database of structures of DNA-protein and RNA-protein complexes. ... a program for finding hydrophobic clusters in 3D structures of macromolecules . ... search of conserved hydrophobic clusters in aligned 3D structures of protein families . ... a program for analysis of multiple alignments . ... a program for automatic detection of aligned blocks in a multiple protein alignment. ... a program for detection of aligned blocks in a multiple alignment of sequences of PDB chains. ...
... Minimal size of Clud clusters (residues) . ... An alignment of a set of structures is a set of positions , to each position some atoms from different structures correspond. ... Hydrophobic cluster of a single protein structure is a separated pool of nonpolar atoms. Usually there is the biggest cluster in the protein called hydrophobic core. ... ConClus program is able to detect of conservative hydrophobic clusters for a family of related protein domains or just for a set of aligned proteins. ...
... а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера; . б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлеченной в контакт; . в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали. Пользуясь сервисом PROTORP , найдите площадь контакта мономеров белка из упражнения 1. ... а) одной из цепей своего белка ; . б) цепи белка из упр. ...
S .. ... база данных о структурах комплексов белков с нуклеиновыми кислотами. ... сервис для нахождения гирофобных кластеров в пространственных структурах биологических макромолекул . ... сервис для нахождения консервативных гидрофобных кластеров в структурах гомологичных белков . ... оригинальная программа для поиска нуклеотижных последовательностей в нуклеотидных бахаъ данных . ... программа для нахождения консервативных молекул воды в совмещенных структурах белков . ... Мини-сервисы . ...
. Область цепи A, контактирующая с белковой цепью D . Области белковых цепей, контактирующие с ДНК (цепи B и C) . Области молекул ДНК (цепи B и C), контактирующие с белковыми цепями A и D . Область контакта цепи A с цепью D с выделеными цветом гидрофобными кластерами. Результат работы сервиса . Изображение цепи A с раскраской по доменам, согласно Dodis . Результат работы сервиса . Изображение цепи A с раскраской по доменам, согласно Dodis (цвета не соответствуют предыдущему изображению) . 2010