... Цель данного занятия ознакомится с возможностями гомологичного моделирования комплекса белка с лигандом. ... Используя известную структуру лизоцима форели как образец, необходимо построить модель комплекса белка с лигандом. ... Для этого сперва определили номера остатков и имена нужных атомов по тому, какие водородные связи имеются в образце (критерий водородной связи: расстояние менее 3.5 ангстрем между азотом или кислородом белка с подходящими атомами лиганда) . ... По Bond angles: 3 . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>10527) - kodomo.cmm.msu.ru/ )

• Homological modeling
• model_lig
• Ucheba

Задание 1: моделирование структуры белка по гомологии. ... Модификация файла со структурой: удалите всю воду из структуры (в текстовом редакторе) всем атомам лиганда присвойте один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйте имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C. Смысл операции в том, что атомы остатка 130 имели индекс А, атомы остатка 131 имели индекс В и т.д. Пример: |Было: |Стало | ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>30533) - dualopt1.cmm.msu.ru/ )

• RNA Tertiary Structure Modelling : Step1

... Вы будете работать с белком лизоцимом из указанного организма. ... Модификация файла со структурой: удалите всю воду из структуры (в текстовом редакторе) всем атомам лиганда присвойте один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйте имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C. Смысл операции в том, что атомы остатка 130 имели индекс А, атомы остатка 131 имели индекс В и т.д. После модификации имен атомов измените номера остатков на 130....

Еще в разделе: (Показать все результаты (>32369) - kodomo.fbb.msu.ru/ )

• allpy: cf6cdc3b7ec5 allpy/pdb.py
• allpy: 9ea5099309b8 allpy/pdb.py
• allpy: 21c2358cb5e7 allpy/pdb.py

... 2009 Morphology of Nafion Membranes: Microscopic and Mesoscopic Modeling . Galperin Dmitry , Khalatur Pavel G. , Khokhlov Alexei R. в журнале DEVICE AND MATERIALS MODELING IN PEM FUEL CELLS , том 113, с. 453-482 DOI . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>26029) - istina.msu.ru/ )

• Journal of Molecular Modeling - журнал | ИСТИНА - Интеллектуальная Система
• Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling - журнал |
• Mathematical modelling of natural phenomena - журнал | ИСТИНА -

Электронная библиотека Попечительского совета . ... Panasenko G.P. - Multiscale Modelling for Structures and Composites . ... Название: Multiscale Modelling for Structures and Composites . Автор: Panasenko G.P. Аннотация: . Rod structures are widely used in modern engineering. ... Moreover, a lot of modern structures are made of composite materials and therefore the material of the rods is not homogeneous. ... Электронная библиотека попечительского совета мехмата МГУ , 2004-2016 . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>23380) - lib.mexmat.ru/ )

• Kaufmann A., Grouchko D., Cruon R. - Mathematical models for the study of the
• Hinchliffe A. - Modelling molecular structures :: Электронная библиотека
• Trindle C., Shillady D. - Electronic Structure Modeling: Connections Between

... Physics Department . ... The structure model of a cubic aperiodic phase ('quasicrystal without forbidden symmetry axes') // J. Phys.: Cond. ... Model for the transformation of an icosahedral phase into a B2 crystalline phase // J. Phys. Cond. ... Seminar of the Polymer Council of RAS . Seminar in Polymer Physics . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>449) - polly.phys.msu.ru/ )

• Дизайн первичной структуры сополимеров со специальными функциональными

MODELLER . ... MODELLER is most frequently used for homology or comparative protein modeling: The user provides an alignment of a sequence to be modeled with known related structures and MODELLER will automatically calculate an all-atom model. ... MODELLER compiles on Silicon Graphics R4000, R8000, and R10000 machines, Sun SPARC, IBM RS/6000, DEC Alphastation, Hewlett-Packard HP-9000/700, PCs under Linux, with f2c or g77 . ... SAL Home | Other Scientific Fields | Chemistry, Biology Related . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>2208) - www.sai.msu.su/ )

• A Kernel Model for Precision Timekeeping
• SAL- Computer Graphics, Images Signals - Modelers - ACIS
• SAL- Computer Graphics, Images Signals - Modelers

... Academic Council (in Russian) . ... General service department . ... Information Systems (in Russian) . ... Supercomuter modeling of climate system processes (in Russian) . ... Parallel information Technologies (in Russian) . ... Mobile and Computing Systems (in Russian) . ... Computer Visualization . ... Automatization of Computing (in Russian) . ... Automated Lexicographis(Linguistic) Systems (in Russian) . ... Informations Systems for Mathematics (in Russian) . ... Computer security (in Russian) ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>519) - srcc.msu.ru/ )

• D.D.Sokoloff, Magnetic field reversals in a simple model of geodynamo, Problems
• R. I. Podlovchenko 'Finitc Models and Algebraic Model of Programs'//
• Natalia Pertsova. Towards developing a model of Russian derivation // 3rd

This home page belongs to small group of scientists working at . Sternberg Astronomical Institute which is a part of Moscow State University . ... Электронная библиотека научно-технической и художественной литературы (доступна только из ГАИШ) . ... Local staff . Dr. Edward Kononovich (konon -at- sai.msu.ru), Associate Professor . ... Dr. Sergey Ayukov (asv -at- sai.msu.ru), Research Fellow, Webmaster of the group . ... Joint seminar of Solar Studies Structure Group and Solar Photometry Group . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>1253) - crydee.sai.msu.ru/ )

• Program of course
• Index of /ftproot/pub/local/science/models

... The LanHEP input file is the sequence of statements, each starts with a special identifier (such as parameter, lterm etc) and ends with the full-stop ' . ... This section is aimed to clarify the syntax of LanHEP input files, i.e. the structure of the statements. ... Let us consider the LanHEP input files for the Standard Model with both the t'Hooft-Feynman and unitary gauges. ... LanHEP allows the user to define several keys , and use these keys to branch among several variants of the model. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>1584) - theory.sinp.msu.ru/ )

• Getting started with LanHEP
• Implementation of models of particle interactions
• Definition of a model in CompHEP

... Игнатьев В.Д., Еремин Н.Н. (1999) Теоретическое моделирование дефектов в структуре ильменита // Вестник Института Геологии (РАН, Уральское отд. ... Урусов В.С., Еремин Н.Н. (2002) Развитие кристаллохимических методов предсказания и моделирования структуры, дефектов и свойств минералов и их твердых растворов. ... Урусов В.С., Еремин Н.Н. (2004) Компьютерное моделирование структур и свойств минералов с использованием атомистических потенциалов межатомного взаимодействия // Вестник МГУ сер. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>22113) - geo.web.ru/ )

• Harvard Seismology: 3-D Earth Structure
• Dictionary_M
• COMAGMAT MODEL

... The results of recent developments on modelling of supramolecular ordering and macroscopic properties of molecular liquids and mixtures are reviewed. ... The hierarchy of theoretical models of molecular aggregates is considered. The nonideal mixture of molecular aggregates, polyvariant as regards structure and composition, is discussed. ... Macroscopic manifestations of supramolecular ordering in a set of the physicochemical properties of molecular liquids and mixtures are discussed. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>3289) - chem.msu.ru/ )

• Спецкурсы кафедры "Химическая энзимология. Основы биоинформатики и
• Ar-I2 Interactions: the Models Based on the Diatomics-in-Molecule Approach
• Kinetic model and mechanism of Y3Al5O12 formation in hydrothermal and

Modeling of interaction between a moving structure and a fluid flow using near-wall damping coefficients" . Aksenov A.A., Shishaeva A.S. The interaction between a moving structure and a fluid flow is modeled using the FlowVision-HPC computational fluid dynamics software. The damping coefficients are introduced in near-wall cells in order to increase the stability of coupled integration of the equations describing the fluid flow and the construction dynamics. ... PDF (in Russian) (877KB) . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>493) - num-meth.srcc.msu.ru/ )

• "The MEL program for the atomistic modeling of functional layers in solar...
• "Transaction modeling on architectural level of software design"
• "An algorithm of high performance modeling of optical nanocoating deposition

Добавить . ... Computational chemistry, molecular modelling . ... ИндаСофт, ООО Химстройснаб, ООО ПраймКемикалсГрупп, ООО Группа компаний ХИМПЭК Крезол-Уфа Лакокраска-Я ООО НИИК, ОАО Агахим, ООО ХимСити ООО Астамед Все компании . ... Реактивы химические общелабораторного назначения Поставка двулучевого сканирующего спектрофотометра Химические реактивы Центрифуга с фильтрующей тканью Все тендеры . ... ГДЗ по химии . Статьи по химии на букву: . ... ChemPort.Ru, MMII-MMXVI . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>5432) - www.chemport.ru/ )

In McQual, D. & Windhal, S. Communication Models for the Study of Mass Communication . ... Одним из первых подходов в области анализа приема сообщений (reception analysis) был вариант критической теории, сформулированный Стюартом Холлом (1980). ... Модель кодирования/декодирования Холла (Hall 1980). ... Hall, S. (1980). Encoding, decoding in the television discourse. ... Morley, J. (1980). ... МакКуэйл Д., Виндал С. (1993/1998). Модель кодирования/декодирования . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>74) - psyberlink.flogiston.ru/ )

The old base model for VES data interpretation was horizontally-layered medium. We consider as the new base model ( fig.1 ) a combination of horizontally-layered structure (HLS) , deep inhomogeneities (DI) (3-4 on fig.1) and nearsurface inhomogeneities - NSI (1-2 on fig.1). TES field technology includes the next rules: . ... In turn AO max depends on depth of investigation h max . ... These effects depends also on the fact: is this dipole group or single electrode moveable or unmoveable. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>118) - geophys.geol.msu.ru/ )

• TES. Modeling example.
• Page 3. Publications
• TES. C-effect

Quantitative Structural Model for Prediction and Analysis of R-loop Forming Sequences in the Genomes Piroon Jenjaroenpun Bioinformatics Institute, A*STAR, Singapore, 138671, piroonj@bii.a-star.edu.sg Thidathip Wongsurawat ... -star.edu.sg Vladimir A. Kuznetsov Bioinformatics Institute, A*STAR, Singapore, 138671, piroonj@bii.a-star.edu.sg INTRODUCTION The R-loop is a three-stranded nucleic acid structure that is co-transcriptionally formed RNA- ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>320) - mccmb.belozersky.msu.ru/ )

• http://mccmb.belozersky.msu.ru/2015/proceedings/abstracts/154.pdf
• http://mccmb.belozersky.msu.ru/2015/proceedings/abstracts/126.pdf
• http://mccmb.belozersky.msu.ru/2013/abstracts/abstracts/188.pdf

... About lab . ... 3D reconstruction . ... Fast urban 3D reconstruction . Image-based 3D urban reconstruction . ... This project is devoted to reconstruction of photo-realistic 3D model of an urban scene from a number of images of streets and crossroads. ... produces realistic models of urban scenes . ... You can download several examples of reconstructed models (it took about 3-10 minutes to create these examples): . ... Vezhnevets V, Konushin A, Ignatenko A. Interactive image-based urban modeling . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>301) - graphics.cs.msu.ru/ )

• Semiautomatic Visual-Attention Modeling | Graphics and Media Lab
• Semiautomatic Visual-Attention Modeling | Лаборатория компьютерной графики и
• Displacement and Normal Map Creation For Pairs of Arbitrary Polygonal Models

... 247th American Chemical Society National Meeting and Exposition "Chemistry and materials for energy" , March 16-20, Dallas, TX Talk: A.V. Nemukhin "QM/MM-based modeling of structure and spectra of fluorescent proteins" . ... IV International Symposium "Topical Problems of Biophotonics", July 21-27, Nizhny Novgorod Invited talk: M.G. Khrenova , A.V. Nemukhin, A.P. Savitsky "Molecular modeling of the Forster resonance energy transfer between fluorescent proteins" . ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>24) - lcc.chem.msu.ru/ )

• History
• Current Projects

... CompHEP Models. ... CompHEP is based on an idea of the physical model. ComHEP Models are very simular to physical models in high energy physics, like Standards Model or MSSM. ... Two of them are versions of the Standard Model (SU(3)xSU(2)xU(1)) in the unitary and t'Hooft - Feynman gauges. ... Standard Model in Feynman gauge . ... This output can be written in LaTeX format and in the form of CompHEP model files, which allows one to start calculations of processes in the new physical model. ...

Еще в разделе: (Показать все результаты (>90) - comphep.sinp.msu.ru/ )

• extra:model:main [CompHEP]
• download:rn-031116 [CompHEP]
• news [CompHEP]