... файл праметров для молекулярной динамики md.mdp . ... Cтруктура дуплекса находится в файле dna.pdb . ... Сделаем небольшой отступ в ячейке от ДНК. editconf -f dna.gro -o dna_ec -d 1.5 Проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле. grompp -f em -c dna_ec -p dna -o dna_em -maxwarn 1 mdrun -deffnm dna_em -v Изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии: . ... Добавим в ячейку молекулы воды. genbox -cp dna_em -p dna -cs -o dna_s Нейтрализуем заряд системы...