... Расстояния даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков. Создайте изображение дерева, описанного заданной Вам формулой. ... Получите искуственные мутантные последовательности, соответствующие листьям и узлам дерева, считая, что в корне находится последовательность гена вашего белка (см. упражнение 2 второго практикума прошлого семестра). ... All_data" создайте таблицу с "истинными" попарными расстояниями (число замен на 100 нуклеотидов): . Gene.. ... Истинное" расстояние (T) . ...
... Модель судьбы заданного гена в виде скобочной формулы из файла : (((А:50,B:50):40,(C:60,D:60):20):25,(E:60,F:60):4); . ... Примечание: дерево не ультраметрично, т.к суммы расстояний от корня до всех листьев не равны. ... Реконструирование деревьев (на основе "листьев") различными алгоритмами. рабочая поддиректория: 04. создать fasta-файл A__F.fasta с последовательностями 6 листьев (A.fasta, .. ... fdnaml A__F.fasta -outfile A__F.fdnaml -outtreefile A__F.treefile -ttratio 1 -auto +----------B | ...