База данных SMART содержит проверенные экспертами множественные выравнивания гомологичных белковых доменов. ... Сохраните эталонное выравнивание в текстовом файле xxx.msf , где ххх ? ... Толщина фрагмента должна быть 5 последовательностей, ширина ? ... Сохраните фрагмент выравнивания в файле benchmark.msf . Сохраните их в файле full_seq.fasta . ... Экспортируйте выравнивание benchmark.msf в виде HTML-странички benchmark.html , а фрагмент выравнивания clustalw.msf, включающий выделенные участки ? ...
... Данный фрагмент составляют следующие последовательности: ASPG_MYCLE; ASPG2_YEAST; ASPG1_BACSU; ASPG4_SCHPO; GATD_METKA. ... В случае "эталонного" выравнивания (принимаем, что это истинное выравнивание, т.е. биологически осмысленное) значения для пар ASPG_MYCLE - ASPG1_BACSU , ASPG_MYCLE - GATD_METKA, ASPG1_BACSU - GATD_METKA получились на 1% больше, чем в выравнивании ClustalW (при прочих равных); подтверждает ранееприведенную мысль (см. про пример лизина, глицина в последовательности ASPG1_BACSU) ....