Поиск по: -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы, которые ссылаются на http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/pep_melt/pr.mdp. Показаны документы 1 - 3 из 3.
1. %TOPICTITLE% (1 vs. 5) - TWiki
... Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md . ... Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию: cd .. ... grompp -f md -c pep_pr -p pep -o pep_md -maxwarn 1 mpirun -np 16 -q test -maxtime 5 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm pep_md -v . ... Запускаем моделирование на суперкомпьтере. ssh skif cd Ivanov grompp -f md -c pep_pr -p pep -o pep_md -maxwarn 1 mpirun -np 1. -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm pep_md -v Запишите номер Вашей задачи. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://dualopt1.cmm.msu.ru/bin/rdiff/Education/PepMelt?_foo=5 -- 29.1 Кб -- 28.02.2014
Похожие документы
Похожие документы
2. MD
Даны файлы: . ... Заряд системы: -1. ... trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol Полученный файл pep_pbc_1.pdb . ... trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans И получаем файл pep_fit_1.pdb . ... Cредне-квадратичное отколнение Так как у нас происходит конформационный переход, сначала рассчитаем отклонение в ходе всей симуляции относительно стартовой структуры. g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_1 Полученный файл rms_1.xvg . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.cmm.msu.ru/~v.romashchenko/Term_6/prac_7.html -- 22.4 Кб -- 30.05.2011
Похожие документы
Похожие документы
3. Молекулярная динамика и ее анализ - учебный сайт Смирновой Виктории
... Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS и ее анализ. ... Файл праметров для молекулярной динамики md.mdp . ... Визуальный анализ движений молекул. trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol Молекула все время перемещается по экрану, наблюдать за ней не удобно, поэтому применена следующая команда: trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans Наблюдения, которые можно сделать из полученного ролика: . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/~smivic/Projects/Term_6/molmod_.html -- 14.8 Кб -- 30.05.2011
Похожие документы
Похожие документы