... Подготовка файлов координат и топологии . ... Параметры контроля температуры: . be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры. vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры. nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры. an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры. sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики. ... et_be.pdb - малые колебания по длине связи + вращение молекулы, при увеличении скорости, амплитуда колебаний уменьшается. ...