... Цель данного занятия ознакомится с возможностями докинга низкомолекулярного лиганда в структуру белка. ... Программе Autodock Vina для докинга необходимы специально форматированные файлы pdb c зарядами и указанием торсионных углов. ... Скриптом prepare_ligand4.py из пакета Autodock tools создаем nag.pdbqt файл лиганда. export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin prepare_ligand4.py -l nag.pdb . ... Для каждого из этих лигандов проведем обыкновенный докинг. ... 4.8 . ...