... Типы файлов: gro - файл с координатами системы. top - файл с описанием ковалентных и нековалентных взаимодействий в молекулах. mdp - файл с описанием параметров для работы молекулярно-механического движка. tpr - файл для молекулярно-механического движка по сути есть объединение gro, top и mdp. trr, xtc - файл с координатами после расчета. ... При вопросе о выводе групп выберите DNA. trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol Откроем b_pbc_1.pdb в PyMol. ... ДНК-вода . ...