Создадим рабочую директорию на диске H: Andreeva/md. Для работы потребуются следующие файлы: . ... файл праметров для "утряски" воды pr.mdp . файл праметров для молекулярной динамики md.mdp . На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами: genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4 . С помощью editconf преобразуем dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы: . ... Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды: . ... mdrun -deffnm b_em -v . ...