... Чтобы программой needle построить выравнивание последовательностей из файлов a.fasta и b.fasta и результат сохранить в файле c.needle, необходимо: . ... Чтобы программа matcher выдала n вариантов локального выравнивания, надо выполнить команду: matcher a.fasta b.fasta c.matcher -alt n (естественно, вместо n надо подставить конкретное целое число). Вместо -alt n можно написать -options , тогда программа спросит вас обо всех параметрах, в том числе и количестве альтернатив. ...
... Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов). ... выбраны штрафы за открытие (Gap_penalty: 10.0) и продолжение (Extend_penalty: 0.5) гэпа в обоих случаях те, которые предлагались автоматически. ... и в случае (1), и в случае (2) число гэпов одинаковое и равно 3, что составляет 0,9% от длины выравнивания (348 а.о. - длина последовательности ASPG2_ECOLI; 345 а.о. + 3 гэпа - у Q8ZGB7_YERPE); . ... Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки. ... сходства . ...