... Чтобы программой needle построить выравнивание последовательностей из файлов a.fasta и b.fasta и результат сохранить в файле c.needle, необходимо: . ... Чтобы программа matcher выдала n вариантов локального выравнивания, надо выполнить команду: matcher a.fasta b.fasta c.matcher -alt n (естественно, вместо n надо подставить конкретное целое число). Вместо -alt n можно написать -options , тогда программа спросит вас обо всех параметрах, в том числе и количестве альтернатив. ...