Если просто набрать в командной строке fasta34 , то программа сама задаст необходимые вопросы, а именно: об имени файла с пробной последовательностью, имени файла с банком для поиска, параметре ktup (оставьте его по умолчанию равным 6), затем об имени выходного файла, количестве находок для вывода, и для скольких из них выдать также выравнивание (будьте внимательны, читайте вопросы, некоторые из них задаются "в два приема"). ... Ответ на вопрос программы fasta34 ? ... имя файла с банком). ...