... Education . ... PepMelt . Создайте рабочую директорию на диске E: типа Ivanov/md . ... Построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs. pdb2gmx -f 2xl1.pdb -o pep -p pep -ff amber99sb -water tip3p . ... Проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле. grompp -f em -c pep_ec -p pep -o pep_em -maxwarn 1 mdrun -deffnm pep_em -v Отметье в отчете изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. ...