Проблема заключается в том, что kdevelop в процессе создания вспомогательных файлов создает неправильный libtool. В качестве временного решения можно предложить следующее:
Выбрать пункт с configure (создается Makefile и другие файлы).
скопировать /usr/local/bin/libtool в директорию <имя проекта>/debug (по умолчанию собирается Debug-версия)