А можно немного уточнить, о чем речь?
В методах молекулярной динамики сама молекулярная динамика основана на известных законах Ньютона, а вот межатомное взаимодействие может быть задано по-разному: от использования модельных потенциалов (типа Леннарда-Джонса или, к примеру, Морзе) до применения численных волновых функций.
В этом смысле пояснения вроде "Направление ФТТ радиационные дефекты и далее в этом ключе" мало о чем говорят. Структурные дефекты (если я понял, речь о них) могут хорошо или плохо описываться в разных приближениях, в зависимости от конкретной системы и ее электронной структуры