Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://www.srcc.msu.ru/nivc/about/labn/lab405.html
Дата изменения: Tue Oct 27 15:30:36 2015
Дата индексирования: Sun Apr 10 08:16:57 2016
Кодировка: Windows-1251
Лаборатория вычислительных систем и прикладных технологий программировани
Лаборатория вычислительных систем и прикладных технологий программировани
Зав. лабораторией д.ф.-м.н. Сулимов Владимир Борисович
Тел.: 939-40-04    Факс: 939-32-53    E-mail: Vladimir.sulimov@gmail.com
    Основные направления работ
    Область научных исследований
    Публикации
    Педагогическая деятельность 		    Гранты
    Партнеры
    Состав лаборатории
    Научный семинар лаборатории
Основные направления работ
Большинство направлений работ лаборатории связано с молекулярным моделированием.
  1. Главным направлением является разработка и применение методов молекулярного моделирования для разработки новых ингибиторов для заданных белков-мишеней (докинг). Разработка новых ингибиторов это начальный этап рациональной разработки новых лекарств. Такое моделирование во многих случаях существенно ускоряет и удешевляет начальную стадию разработки нового екарства - разработку Lead compound'а.
  2. Разработка программ для моделирования молекул, супрамолекул и новых материалов, в том числе наноматериалов.
Область научных исследований
Молекулярное моделирование
  • разработка новых ингибиторов для заданных белков-мишеней
  • разработка синтетических вакцин
  • молекулярное моделирование взаимодействия органических молекул с ионами металлов методами квантовой химии
  • континуальные модели растворителя: PCM, COSMO
Разработка экспертной системы для индивидуальной медицины на основе Байесовских сетей (совместно с ХимФаком МГУ)

Публикации
  1. Nikitina E., Sulimov V., Zayets V., Zaitseva N. Semiempirical calculations of binding enthalpy for protein-ligand complexes, Int. J. Quantum Chemistry, 97 (2004) 747-763.
  2. Alexandrovsky A.A., Basilevsky M.V., Leontyev I.V., Mazo M.A., and Sulimov V.B. 'The binomial cell model of hydrophobic salvation', J.Phys.Chem. B, 108 (2004) 15830-15840.
  3. Basilevsky M.V., Grigoriev F.V., Leontiev I.V., Sulimov V.B. 'The excluded volume effect for large and small solutes in water', J. Phys.Chem. A 109 (2005) 6939-6946.
  4. Russian Patent, Methods of intermolecular interaction modeling and the based on them prediction method of ligand binding with molecular target. Inventors: A.N.Romanov, F.V.Grigoriev, E.A.Nikitina, V.A.Zayatz, V.B.Sulimov. Assignee:Algodign, LLC, USA. Application N 2003126579/09(028357), positive decision of 4th October 2004, the priority date 29.08.2003.
  5. Russian Patent, Method of modeling and predicting binding of ligand molecules to target molecules by methods of quantum mechanics taking effect of solvent into account. Inventors: E.A.Nikitina, V.B.Sulimov, A.N.Romanov. Assignee:Algodign, LLC, USA. Application N 2003128413/09(030459), positive decision of 4th October 2004, the priority date 22.09.2003).
  6. Russian Patent, Method of prediction of molecules solvation on the base of modeling of their interaction with solvent in the frame of continuum model. Inventors: A.N.Romanov, V.B.Sulimov, S.N.Jabin, Y.Martynov. Assignee: Algodign, LLC, USA. Application No: 2004128717, Priority date 27.09.2004.
  7. Romanov A.N., Jabin S.N., Martynov Y.B., Sulimov A.V., Grigoriev F.V., Sulimov V.B. 'Surface Generalized Born method: a simple, fast and precise implicit solvent model beyond the Coulomb approximation', J.Phys.Chem. A, 108, N 43 (2004) 9323-9327.
  8. Golovacheva A.Yu., Romanov A.N., Sulimov V.B. 'Ab initio calculation of torsion and inversion barriers of the amino group rotation in aminopyrimidines', J. Phys. Chem. A 109 (2005) 3244-3249.
  9. Nikitina E, Sulimov V., Grigoriev F., Kondakova O., Luschekina S. 'Mixed implicit/explicit solvation models in quantum mechanical calculations of binding enthalpy for protein-ligand complexes', Int. J. Quantum Chem. 106 (2006) 1943-1963.
  10. Basilevsky M.V., Leontyev I.V., Luschekina S.V., Kondakova O.A., Sulimov V.B. 'Computation of hydration free energies of organic solutes with the implicit water model', J.Comp. Chem. 27, N 5 (2006) 552-570.
  11. Vladimir Sulimov, Olga Kondakova, Alexey Romanov, Alexey Chernobrovkin, Sofia Luschekina, Yuriy Ivanov, Andrey Lisitsa, and Alexander Archakov Running Hit-to-lead Route in the Field of HIV-1 Protease Dimerization Inhibitors // Society for Biomolecular Screening - 11th Annual Conference and Exhibition, 11-15 September 2005, Geneva, Switzerland, Handbook, page 249.
  12. Сулимов В.Б., Аталуаханов Ф., Синауридзе Е.И., Романов А.Н., Лущекина С.В., Боголюбов А.А., Семенов В.В. 'Результаты компьютерного поиска новых ингибиторов тромбина и экспериментальное определение их активности', Сборник материалов XIII российского национального конгресса 'Человек и лекарство', 3-5 апреля 2006, стр.8.
  13. Сулимов В.Б., Романов А.Н., Григорьев Ф.В., Кондакова О.А., Лущекина С.В., Соболев С.И. 'Оценка энергии связывания белок-лиганд с учетом растворителя и программа докинга SOL: принцип работы и характеристики', Сборник материалов XIII российского национального конгресса 'Человек и лекарство', 3-5 апреля 2006, стр.37.
  14. Жабин С.Н., Сулимов В.Б. 'Программа построения доступной растворителю поверхности для произвольных органических молекул и интерактивный просмотр положений лигандов в активных центрах белков', Сборник материалов XIII российского национального конгресса 'Человек и лекарство', 3-5 апреля 2006, стр.15.
  15. В.Б.Сулимов, А.Н.Романов, Ф.В.Григорьев, О.А.Кондакова, А.В.Сулимов, С.Н.Жабин, С.И.Соболев 'Веб-ориентированная система молекулярного моделирования Keenbase для разработки новых лекарств', Всероссийская научная конференция: 'Научный сервис в сети Интернет: технологии параллельного программирования', 18-23 сентября 2006 г., Новороссийск. Тезисы докладов: стр.170-172.
  16. Сулимов В.Б. и др. Техническая документация на систему Keenbase, разработанная в рамках выполнения опытно-конструкторских работ по Госконтракту ? 02.435.11.1008 от 01 августа 2005 г. между Федеральным агентством по науке и инновациям и НИВЦ МГУ по проекту ? 2005-ИТ-13.5/002 'Разработка интерактивной Веб-ориентированной системы для решения задач молекулярного моделирования с использованием технологий распределенных вычислений'.
  17. Григорьев Ф. В., Романов А. Н., , Кондакова О. А., Лущекина С. В., Сулимов В. Б. Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94. Вычислительные методы и программирование. 7 (2006) 128-136.
  18. V.Sulimov, A.Romanov, F.Grigoriev, O.Kondakova, A.Sulimov, P.Bryzgalov, S.Zhabin, A.Chernobrovkin, S.Sobolev 'Web-oriented system Keenbase for virtual screening and design of new ligands for biological macromolecules. Application for new drug searches', Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies, 27 -29 November 2006 Saint-Petersburg Russia, Abstracts, pp.33-34.
  19. Заявка на получение патента РФ: Авторы: Романов А.Н., Сулимов В.Б., Готтих М.Б., Боголюбов А.А., Кондакова О.А., Смолов М.А., Носик Д.Н., Носик Н.Н. Заявители: Сулимов В.Б., Романов А.Н., Готтих М.Б. ПРОИЗВОДНЫЕ БЕНЗОТРОПОЛОНА, ФАРМАЦЕВТИЧЕСКАЯ КОМПОЗИЦИЯ; СПОСОБ ИНГИБИРОВАНИЯ РЕПЛИКАЦИИ ВИРУСОВ И СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ И/ИЛИ ПРОФИЛАКТИКИ БОЛЕЗНЕННЫХ СОСТОЯНИЙ МЛЕКОПИТАЮЩИХ, ВЫЗЫВАЕМЫХ РЕПЛИКАЦИЕЙ ВИРУСОВ, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХ МЕТАЛЛОСОДЕРЖАЩИЕ ФЕРМЕНТЫ по заявке N 2007111652 от 30 марта 2007 г.
  20. Заявка на получение патента РФ: Авторы: Романов А.Н., Сулимов В.Б., Готтих М.Б., Боголюбов А.А., Кондакова О.А., Смолов М.А., Носик Д.Н., Носик Н.Н. Заявители: Сулимов В.Б., Романов А.Н., Готтих М.Б. ПРОИЗВОДНЫЕ БЕНЗОТРОПОЛОНА, ОБЛАДАЮЩИЕ АНТИ-ВИЧ АКТИВНОСТЬЮ, ФАРМАЦЕВТИЧЕСКАЯ КОМПОЗИЦИЯ; СПОСОБ ИНГИБИРОВАНИЯ ВИЧ-1 ИНТЕГРАЗЫ И СПОСОБ ПРОФИЛАКТИКИ И/ИЛИ ЛЕЧЕНИЯ ВИЧ ИНФЕКЦИИ по заявке N 2007111653 от 30 марта 2007.
  21. Синауридзе Е.И., Сулимов В.Б., Семенов В.В., Грибкова И.В., Горбатенко А.С., Боголюбов А.А., Романов А.Н., Кондакова О.А., Атауллаханов Ф.И. 'Новый ряд ингибиторов тромбина', Четвертый Международный Конгресс 'Биотехнология: состояние и перспективы развития', 12-16 марта 2007, Москва, Россия, Материалы конгресса, часть 1, с. 103.
  22. Sulimov A.V., Sulimov V.B., Romanov A.N., Grigoriev, F.V., Kondakova O.A., Bryzgalov P.A., Ostapenko D.A., Web-oriented system Keenbase for new drugs design, Proc. Fourth International Symposium 'Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resourses (CMPTI-2007, Moscow, Russia, September 1-5, 2007), 2007, p.158.
  23. А.Н.Романов, В.Б.Сулимов, О.А. Кондакова, Е.И.Синуаридзе, Ю.В.Кузнецов, В.В.Воеводин, Ф.И. Атауллаханов. 'Новые ингибиторы тромбина: молекулярный дизайн с использованием суперкомпьютеров и экспериментальное подтверждение активности' Труды Четвертой Сибирской школы-семинара по параллельным и высокопроизводительным вычислениям, Томск, 2007, с.18-19.
  24. Grigoriev, M.V. Basilevsky, S.N. Gabin, A.N.Romanov, V.B.Sulimov 'Cavitation free energy for organic molecules having various sizes and shapes' J.Phys.Chem. B, 111 (2007) 13748-13755.
  25. Ф.В. Григорьев, М.В. Базилевский , С.Н. Жабин, А.Н. Романов, В. Б. Сулимов 'Расчет свободной энергии образования полостей различных объема и формы в воде методом термодинамического интегрирования', Физическая Химия (принята к печати).
  26. F.V.Grogoriev, S.V.Luschekina, А.N.Romanov, V.B.Sulimov, E.A.Nikitina 'Computation of entropy contribution to protein-ligand binding free energy' Biochemistry (Moscow), Vol.72 (2007) N 7, pp. 785-792.
  27. E.I. Sinauridze, A.S. Gorbatenko, I.V. Gribkova, V.B. Sulimov, A.N. Romanov, O.A. Kondakova, M.A. Azhigirova, T.L. Dereza, Yu.V. Kuznetsov, A.A. Bogolyubov, F.I. Ataullakhanov 'Plasma dilution with artificial plasma expanders induces hypercoagulation', Технология живых систем, 2008, Т.5, N 1, С.3-14.
  28. Заявка на получение патента РФ: Авторы: Синауридзе Е.И.,Атауллаханов Ф.И., Бутылин А.А., Сулимов В.Б., Романов А.Н., Боголюбов А.А., Кузнецов Ю.В., Грибкова И.В., Горбатенко А.С., Кондакова О.А. Заявитель: ООО 'Бионика' Новые соединения, обладающие функцией антикоагулянтов, фармацевтические композиции на их основе для лечения тромботических состояний и плазмозамещающий раствор для коррекции гиперкоагуляционных нарушений при гемодилюции. Регистрационный номер 2007124202, 28.06.2007
  29. Заявка на получение патента РФ: Авторы: Синауридзе Е.И.,Атауллаханов Ф.И., Бутылин А.А., Сулимов В.Б., Романов А.Н., Боголюбов А.А., Кузнецов Ю.В., Грибкова И.В., Горбатенко А.С., Кондакова О.А. Заявитель: Атауллаханов Ф.И., Бутылин А.А. Новые соединения, обладающие функцией ингибиторов тромбина, и фармацевтические композиции на их основе. Регистрационный номер 2007124201, 28.06.2007
  30. V.B.Sulimov, A.N.Romanov, O.A.Kondakova, E.I.Sinauridze, A.A.Butylin, I.V.Gribkova, A.S.Gorbatenko, A.A.Bogoliubov, I.Yu.Titov, E.V.Polunin, Yu.V.Kuznetsov, I.V.Taidakov, V.V.Voevodin, S.I.Sobolev, F.I.Ataullakhanov "New Thrombin Inhibitors: Molecular Design and Experimental Discovery' IDDST-2007, BIT's 5th Anniversary Congress of International Drug Discoveru Science & Technology, Serial II: Advances and Challenges Toward Major Diseases. Theme: Extension on New Hope, November 7-13, 2007, Xi'an & Beijing, China, p.145.
  31. Грибкова И.В., Синауридзе Е.И., Сулимов В.Б., Горбатенко А.С., Кузнецов Ю.В., Монаков М.Ю., Боголюбов А.А., Романов А.Н., Кондакова О.А., Атауллаханов Ф.И. Поиск новых ингибиторов тромбина. Сборник тезисов 11-й международной Пущинской школы-конференции молодых ученых 29 октября-2 ноября 2007, с.240-241
  32. Григорьев Ф.В., Жабин С.Н., Романов А.Н., Сулимов В.Б. Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло // Вычислительные методы и программирование, 2008, Т. 9, С.101-107.
  33. Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Сулимов В.Б. Двухступенчатая методика расчета свободной энергии образования субнанометровых полостей в воде методом термодинамического интегрирования // Вычислительные методы и программирование, 2007, Т. 8, С.326-333.
  34. Романов А.Н., Сулимов В.Б., Боголюбов А.А., Кондакова О.А., Смолов М.А., Ткач И.И., Носик Д.Н., Калнина Л.Б. Новый класс ингибиторов ВИЧ-1 интегразы // Сборник материалов XV российского национального конгресса 'Человек и лекарство' (Тезисы докладов), 14-18 апреля 2008, Москва, стр.692.
  35. Владимир Сулимов Суперкомпьютерная разработка лекарств - новое лекарство от тромбоза, Prooceedings of First International Congress & Partnering for Biotechnology, Bioenergy and Bioeconomy, 24-25 April, 2008, Moscow, Russia, p.19-21.
  36. Романов А.Н., Кондакова О.А., Григорьев Ф.В., Сулимов А.В., Лущекина С.В., Мартынов Я.Б., Сулимов В.Б. Компьютерная разработка лекарств: программа докинга SOL // Вычислительные методы и программирование, 2008, Т. 8, С.213-233.
  37. А.Романов, О.Кондакова, Ф.Григорьев, А.Сулимов, С.Лущекина, Я.Мартынов, С.Жабин, Д.Втюрина, А.Конева, В.Б.Сулимов 'ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ МЕТОДЫ И КОМПЬЮТЕРНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ В РАЗРАБОТКЕ ЛЕКАРСТВЕННЫХ СРЕДСТВ', СТРУКТУРА И ДИНАМИКА МОЛЕКУЛЯРНЫХ СИСТЕМ (Электронный журнал, Казанский государственный университет) Том 2 ?4 2008, ЧАСТЬ A, С.441-453.
  38. Gribkova I, Sinauridze E, Sulimov V, Gorbatenko A, Kuznetsov Y,Monakov M,Butylin A,Ataullakhanov F. 'New low-molecular synthetic Thrombin inhibitors', 53rd Annual Meeting Society of Thrombosis and haemostasis Research,Vienna, 4-7 February 2009, Hemostasiology, 1, 2009, p.A31.
Педагогическая деятельность
  • Спецкурс: Сулимов В.Б. 'Методы компьютерной разработки лекарств' (Физический факультет, Кафедра Биофизики)
Гранты
  1. Госконтракт с Федеральным Агентством по науке и инновациям: ? 02.514.11.4084 от 08.08.2008 'Исследование и разработка технологии суперкомпьютерного молекулярного моделирования на базе реконфигурируемых вычислительных систем'.
    Головной Исполнитель - НИВЦ МГУ,
    Соисполнитель - ООО 'НИЦ СЭ и НК', г. Таганрог - (НИИ Многопроцессорных Вычислительных Систем).
    Продолжительность: 08 августа 2008 - 30 ноября 2009.
  2. "Суперкомпьютерная разработка лекарств", в рамках научно-технической программой Союзного государства 'Разработка и использование программно-аппаратных средств Грид-технологий перспективных высокопроизводительных (суперкомпьютерных) вычислительных систем семейства 'СКИФ', совместно с НИИЯФ МГУ, 2007-2008 гг. закончен.
  3. РФФИ ? 06-03-33171 закончен.
  4. РФФИ ? 07-02-01123 2008-2009 гг.
  5. РФФИ-ОФИ ? 08-04-12129 2008-2009 гг. совместно с НИИ Физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ
  6. РФФИ-ОФИ ? 080412060 2008-2009 гг. совместно с Гематологическим Научным Центром РАМН (Разработка нового поколения плазмозамещающих растворов для предотвращения нарушений гемостаза при массивных инфузиях).
Партнеры
  1. Факультет Фундаментальной Медицины МГУ.
  2. Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН.
  3. The George Washington University, School of Medicine and Health Sciences, Department of Biochemistry and Molecular Medicine.
  4. Гематологический Научный Центр РАМН.
  5. НИИ Физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ.
  6. НИИ Вирусологии им. Д.И.Ивановского РАМН.
  7. Институт биохимической физики им. Н.М. Эммануэля РАН.
  8. Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН.
  9. Научный Центр Волоконной Оптики РАН.
  10. Центр фотохимии РАН РАН.
  11. НИИ Многопроцессорных Вычислительных Систем, г. Таганрог.
  12. ООО 'НИЦ СЭ и НК', г. Таганрог.
Состав лаборатории
  • Сулимов В.Б., д.ф.-м.н., зав.лаб.
  • Григорьев Ф.В., д.х.н., вед.н.сотр.
  • Кондакова О.А., к.х.н. ст.н.сотр.
  • Каткова Е.В., к.ф.-м.н., н.сотр.
  • Сулимов А.В., вед. прогр.
  • Кутов Д.К., прогр. 1 кат.
  • Савкин И.А., прогр. 2 кат.
Научный семинар лаборатории
  • 'Молекулярное моделирование и разработка биологически активных соединений'
    Научный руководитель семинара: Сулимов В.Б.
    Каждый понедельник, 11-00, большой конференц-зал НИВЦ МГУ.