В 2008 г. защитил кандидатскую диссертацию по теме «Геоэкологические особенности структуры донных природных комплексов северной части Каспийского моря», ученая степень кандидата географических наук по специальности 25.00.36 – «Геоэкология» присвоена в 2009 г.

Б.М. Малашенков развивает направление, связанное с исследованием процессов стабильности и изменчивости донных природных комплексов и проблемой восстановления деградированных морских экосистем крупных внутренних водоемов. Ряд статей посвящен разработке методических подходов к оценке природно-ресурсного потенциала подводных ландшафтов. В течение последних лет занимается изучением последствий разработки нефтегазодобывающих структур на морском шельфе, вопросами физико-географической классификации и ландшафтного районирования южных морей. В настоящее время в сферу его научных интересов входит изучение экологических последствий антропогенного воздействия на северный регион Каспийского моря (методы экологических исследований, мониторинг, ресурсный потенциал). 

Публикации в рецензируемых журналах

• Природоохранные мероприятия по восстановлению западных подстепных ильменей // Вода: химия и экология. 2015. ? 5. С. 26–34 (в соавт. с Н.Н. Митиной и М.В. Болговым).
• Проблемы и перспективы разработки нефтегазовых месторождений на арктическом шельфе Российской Федерации// Вестник Московского университета. Серия 21. Управление (государство и общество). 2015. ? 2 в соавт. Л.И. Акчуриным).
• Задачи усовершенствования сети особо охраняемых природных акваторий в целях восстановления деградированных морских экосистем // Евразийский союз ученых (ЕСУ). Ежемесячный научный журнал. 2014. ?4 (часть 6). С. 42–46 (в соавт. с Н.Н. Митиной и Е.В. Чуприной).
• К вопросу о правовом регулировании охраны водных ресурсов Каспийского моря // Евразийский союз уеных (ЕСУ) Ежемесячный научный журнал. 2014. ? 4 (часть 6). С. 30-32 (в соавт. Л.И. Акчуриным).
• Природные и антропогенные факторы воздействия на уровень Каспийского моря // Вода: химия и экология. 2013. ? 3. С. 3–8 (в соавт. с Н.Н. Митиной).
• Причинно-следственные связи изменения некоторых параметров экосистем Каспийского моря // Проблемы региональной экологии. 2013. ? 1. С. 14–21 (в соавт. с Н.Н. Митиной).
• Влияние изменений уровня Каспийского моря на устойчивость ряда элементов экосистемы его Северного региона // Вода: химия и экология. 2013. ? 6. С. 10–15 (в соавт. с Н.Н. Митиной).
• Природно-ресурсный потенциал подводных ландшафтов северного Каспия// Известия РАН. Серия географическая. 2010. ? 1. С. 54–62.
• Методические подходы к определению устойчивости водных экосистем (на примере северного региона Каспийского моря) // Проблемы региональной экологии. 2010. ? 6. С. 65–75 (в соавт. с Н.Н. Митиной и Л.А. Телитченко).
• Донные природные комплексы Северного Каспия // Известия РАН. Серия географическая. 2009. ? 3. С. 94–106.
• Оценка частного природно-ресурсного потенциала донных природных комплексов северного региона Каспийского моря // Вода: химия и экология. 2008. ? 5. С. 2–9.
• Критерии устойчивого состояния экосистемы северного региона Каспийского моря // Вода: химия и экология. 2008. ?6. С. 2–18 (в соавт. с Н.Н. Митиной и Л.А. Телитченко).

Статьи в научных сборниках и периодических научных изданиях

• Estimation of the Volga-Caspian Water Ecosystems Stability Under the Possible Climate Change and Anthropogenic Load // Journal of Environmental Science and Engineering. 2011. Vol. 5. No 1 (S/N 38). P. 116–120 (в соавт. с Н.Н. Митиной).
• Criteria of the Ecosystem Stability in the Northern Region of the Caspian Sea // Geography, Environment, Sustainability. 2011. No 4. P. 98–118 (в соавт. с Н.Н. Митиной и Л.А. Телитченко).
• Determination of Hydro-Ecological Factors of the Volga-Caspian Aquatic Ecosystems Stability in Designing Their Protection // Geography, Environment, Sustainability. 2010. No 4 (3). P. 54–59.
• Динамика гидрометеорологических показателей Северного Каспия // Наука в России. 2009. ?4. С. 17–20 (в соавт. с Н.Н. Митиной).