Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://www.snto-msu.net/showflat.php?Number=8093715&src=arc&showlite=
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Wed Apr 13 05:31:28 2016
Кодировка: Windows-1251
Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор - Public forum of MSU united student networks
Root | Google | Yandex | Mail.ru | Kommersant | Afisha | LAN Support
  
General Discussion >> Study (Archive)

Страницы: 1
Lukich
addict

Рег.: 11.04.2004
Сообщений: 412
Из: Очаково
Рейтинг: 49
  Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор
      23.11.2008 16:08
3

Мой хороший знакомый попросил узнать, может ли кто-нибудь за разумные деньги в начале декабря провести несколько мастер-классов по основам компьютерного моделирования взаимодействия лекарственных препаратов с соответствующими рецепторами для небольшой группы аспирантов (2-3 человека) из других вузов. Интересуют, в основном, такие сведения: каких классиков почитать для начала, в какой программе лучше всего обсчитывать, какие параметры нужно извлекать из расчетов. Желательно продемонстрировать все это на паре-тройке примеров.
Насколько я знаю, у Зефирова таким моделированием занимаются?

nersik
Mr

Рег.: 26.01.2007
Сообщений: 11570
Из: Медведково Северное
Рейтинг: 15361
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: Lukich]
      23.11.2008 21:24
3

В ИБХ у Ефремова занимаются именно этим.
Могу узнать контакты парней из его группы. Думаю они будут очень даже не против провести за небольшой гешефт мастер-класс.

Lukich
addict

Рег.: 11.04.2004
Сообщений: 412
Из: Очаково
Рейтинг: 49
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: nersik]
      23.11.2008 21:27
1

Спасибо, это было бы замечательно.

comcon1
с витаминами

Рег.: 22.09.2006
Сообщений: 747
Рейтинг: 465
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: Lukich]
      24.11.2008 15:45
1

если вам нужен докинг, то это не совсем по их душу. Ищите специалистов именно по докингу.



comcon1
с витаминами

Рег.: 22.09.2006
Сообщений: 747
Рейтинг: 465
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: comcon1]
      24.11.2008 15:49
3

просто взаимодействие молдинамику вам может рассказать тысяча человек ( и ефремовская, и шайтановская, и наша лабы), а докинг - это несколько иная тема. Это очень-очень приблизительный ОТНОСИТЕЛЬНЫЙ расчет силы взаимодействия между большим количеством низкомол-ых лигандов и рецептором.

Основное отличие: молдинамика расчитана на адекватное приближение, а докинг на перебор большого числа молекул (адекватность оочень понижена).



jeeves
stranger

Рег.: 01.11.2008
Сообщений: 12
Рейтинг: 4
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: comcon1]
      24.11.2008 15:52
1

а этот перебор дал сильные результаты в каком-то случае? на чем?

comcon1
с витаминами

Рег.: 22.09.2006
Сообщений: 747
Рейтинг: 465
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: jeeves]
      24.11.2008 15:57
3

Ну берут рецептор. К нему нужен лиганд. Беруд 100000 мелких молекул и начинают проводить по определенной траектории под разными углами к активному центру фермента, на каждом шагу измеряя энергию системы. То есть по сути это даже не молдинамика, а молмеханика (энтропийные факторы, соответственно не учитываются ВООБЩЕ). Ну и исходя из цифр вычисляют что-то типа "дельта-же" (это вообще не дельта-же, а просто цифра, которую можно сравнивать). Ну и находят среди 100000 молекул те, которые круто взаимодействуют. Проверяют их биохимически - и ОПА - новое лекарство.



Lukich
addict

Рег.: 11.04.2004
Сообщений: 412
Из: Очаково
Рейтинг: 49
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: comcon1]
      24.11.2008 22:52
1


 
В ответ на:

взаимодействия лекарственных препаратов с соответствующими рецепторами



Да, нужен специалист именно по докингу. Те аспиранты, насколько я понимаю, фармакологи/биохимики, занимаются как раз поиском лекарств. А что, на химфаке докингом не занимаются? А у Ефремова?

IPolyakov
GAMESS

Рег.: 09.02.2007
Сообщений: 3046
Из: GFP can
Рейтинг: 587
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: comcon1]
      24.11.2008 23:17
1

боюсь и докинг, и молмеханика/динамика в своем принципе не расчитаны на адекватное приближение.

comcon1
с витаминами

Рег.: 22.09.2006
Сообщений: 747
Рейтинг: 465
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: Lukich]
      24.11.2008 23:27
1

Когда я был у Ефремова на практике именно докингом они не занимались. Хотя софт у них, вроде есть. Прежде чем заниматься докингом, нужно собрать рецептор и оптимизировать - это в любом случае MD.

2IPolyacov - нам ваш Ермилов говорил, что для крупных систем MM дает лучшее приближение чем QM, даже если задать хороший базис. В MM уже внесены эмпирические параметры, подобранные по эксперименту. QM все считает с нуля и добиться соответствия для крупной системы ИМХО сложнее. Ну и по времени - просто нереально считать.



IPolyakov
GAMESS

Рег.: 09.02.2007
Сообщений: 3046
Из: GFP can
Рейтинг: 587
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: comcon1]
      24.11.2008 23:58
1

Жесть. ММ не считает реакций в принципе, не считает возбужденных состояний и дофига реально полезных вещей, так что как приближение оно в принципе не может быть лучше ab initio методов. Эмпирические параметры в ММ обычно параметризуются под потенциалы, полученые, через QM, так что как они могут быть лучше мягко говоря не очень понятно. Ну а смотря что нереально считать. есть же гибридные методы км/мм- там даже белки можно считать.

comcon1
с витаминами

Рег.: 22.09.2006
Сообщений: 747
Рейтинг: 465
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: IPolyakov]
      25.11.2008 00:12
1

ММ\МД не считает РЕАКЦИЙ - да, не считает. Но топикстартер обозначил вполне определенный круг задач: лиганд-рецепторные взаимодействия. Здесь реакции не нужны.
Здесь, окромя стандартного набора взаимодействий, нужен учет энтропии и Н-связей. С Н-связями у молдинамики по-разному. Это зависит от реализации. Обычно они уделяют этому внимание и не апроксимируют Н-связь простой электростатикой (что совершенно по сути недопустимо).

ЗЫ. А вот поведение возбужденной молекулы МД посчитать может. Только для возбужденной молекулы нужно строить другую топологию, нежели чем для основного состояния.



comcon1
с витаминами

Рег.: 22.09.2006
Сообщений: 747
Рейтинг: 465
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: IPolyakov]
      25.11.2008 00:18
1

Что касается гибридных методов - то они необходимы для расчета белок-связанных низкомолекулярных кофакторов (обычно) или реакции в активном центре. И время расчета все равно несравнимое. Какой-нибудь флавино-содержащий белок если считать QMMM и флавиновый кофактор в приличном базисе с DFT тоже будет дайбоже считаться. С МД не сравнить.



comcon1
с витаминами

Рег.: 22.09.2006
Сообщений: 747
Рейтинг: 465
  Re: Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор [re: comcon1]
      25.11.2008 00:20
 

И да относительно эмпирических потенциалов. Не все параметризуются исходя из QM. Ван-дер-ваальсовы взаимодействия чаще всего параметризуются из эксперимента. А от жесткостей часто добиваются, чтобы ММ-модель отображала ИК-спектр молекулы (расчетный или экспериментальный).



Страницы: 1

General Discussion >> Study (Archive)

Дополнительная информация
0 зарегистрированных и 0 анонимных пользователей просматривают этот форум.

Модераторы:  Basilio, The_Nameless_One 

Печать темы

Права
      Вы можете создавать новые темы
      Вы можете отвечать на сообщения
      HTML отключен
      UBBCode включен

Рейтинг:
Просмотров темы:

Переход в