Коллекции микроорганизмов / Консолидированный каталог

Объединенный каталог Российских коллекций немедицинского профиля

Consolidated Catalogue of Microbial Cultures Held in Russian Non-medical Collections
CD version, release 1.0 (Fall 2002), www.vkm.ru

Содержание

Том I. Бактерии (Bacteria)

Том II. Мицелиальные грибы (Fungi)

Том III. Дрожжи (Yeasts)

Том IV. Водоросли (Algae)

Том V. Генетически модифицированные штаммы бактерий (GMStrains)

Приведены файлы в формате электронных книг. Для просмотра используйте Microsoft Reader.

  Скачать Microsoft Reader: http://www.microsoft.com/reader/

Каталоги коллекций культур являются ключевым звеном во взаимодействии коллекций культур с профессиональным сообществом с одной стороны, сообществом потенциальных пользователей культурами и информацией о них - с другой. Позиция профессионального сообщества кратко выражена в тезисе комитета Всемирной Федерации коллекций культур (WFCC) по коллекциям, находящимся под угрозой исчезновения: 'нет каталога - нет и вопроса о существовании коллекции'. С точки зрения пользователей, все большее значение приобретают сводные каталоги, позволяющие в ходе одного 'электронного визита' оценить весь спектр доступных культур и информации о них - в том числе по странам, регионам и т.д. Участие в составлении сводных каталогов позволяет сотрудникам коллекций автоматически отслеживать и устранять случаи дублирования культур в поддерживаемых фондах, реагировать на те быстрые изменения, которые непрерывно происходят в таксономии и номенклатуре поддерживаемых микроорганизмов.

Мировая практика свидетельствует о том, что коллекции, озабоченные информативностью своих каталогов, вынуждены переиздавать их очень часто (например - ежегодно). Электронная форма публикации имеет преимущества перед полиграфической, поскольку она оперативнее, дешевле и обеспечивает доступ к хранящейся информации, как пользователю, так и авторам - позволяя последним дополнять и исправлять опубликованную информацию по мере наполнения новой.

Объединенный каталог Российских коллекций немедицинского профиля был подготовлен в процессе выполнения работы по государственной программе 'Биоразнообразие' в течение 1999-2001 годов. Головной организацией по выполнению данного проекта была Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ ИБФМ РАН). В создании Объединенного каталога наряду с ВКМ участвовали следующие российские коллекции:

• Коллекция культур Ботанического института им. В.Л.Комарова РАН (БИН), С.-Петербург;
• Коллекция культур Биологического института (БиНИИ) Санкт-Петербургского университета, С.-Петербург;
• Коллекция культур института защиты растений РАСХН (ВИЗР), С.-Петербург;
• Коллекция культур Всероссийского института пищевых ароматизаторов, кислот и красителей РАСХН (ВНИИПАКК), С.-Петербург;
• Коллекция культур Всероссийского института сельскохозяйственной микробиологии РАСХН (ВНИИСХМ), С.-Петербург;
• Коллекция культур Института биологии Уфимского НЦ РАН (ИБ), Уфа;
• Коллекция культур Института биологии моря ДВО РАН (ИБМ), Владивосток;
• Коллекция культур Института биофизики СО РАН (ИБСО), Красноярск;
• Коллекция культур Института биофизики клетки РАН (ИБК), Пущино;
• Коллекция культур Института молекулярной генетики РАН (ИМГ), Москва;
• Коллекция культур Института физиологии растений им. К.А.Тимирязева РАН, Москва;
• Коллекция культур Института экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН (ИЭГМ), Пермь;
• Коллекция дрожжевых культур кафедры биологии почв факультета Почвоведения МГУ им. М.В.Ломоносова (КБП МГУ), Москва;
• Коллекция культур кафедры микробиологии Биологического факультета МГУ им. М.В.Ломоносова (КМ МГУ), Москва;
• Коллекция Российского противочумного НИИ 'Микроб', Саратов;
• Коллекция культур Тихоокеанского института биоорганической химии ДВО РАН (ТИБОХ), Владивосток.

Количество указанных в Каталоге культур каждой коллекции представлено в Таблице:

Объем всего Каталога или отдельных его частей может регулярно пополняться соисполнителями при возобновлении соответствующей программы, координирующей разработку и поддержание сводных каталогов микробных коллекций России. Возможна установка копий Каталога на Web-сайтах заинтересованных соисполнителей.

Материалы для каталога предоставлялись соисполнителями программы в текстовом виде, а также в виде баз данных, к которым был возможен доступ средствами MS Access 97 и Visual Basic 6. В качестве баз данных соисполнители могли использовать MS Access, Paradox, dBase, FoxPro, Oracle, SQL Server и целый ряд других, к которым в ВКМ есть доступ через стандартный интерфейс ADO/OLE DB фирмы Microsoft. Возможно было использование и БД Ирис для MS-DOC. Формат текстовых файлов практически ничем не ограничивался и определялся удобством и возможностями каждого конкретного соисполнителя. Главное, на что обращалось внимание, это то, чтобы информация была организована единообразным и регулярным образом. Для унификации поступающих данных соисполнителям были разосланы примеры минимальных записей в Каталоге и ориентировочные списки необходимых полей. При необходимости ВКМ предоставляла соисполнителям ряд продуктов под Windows 95/98 для создания их части Каталога: базу данных соисполнителя (выполненную средствами MS Access 97 и Visual Basic6), шаблоны редактора MS Word 97 в случае работы с текстовыми файлами и ряд других.

Работы по созданию сводного каталога велись в операционной системе Window NT на базе СУБД MS Access 97/2000, пакета MS Office 97/2000, языка программирования Visual Basic 6 и его вариантов VBA и VBScript.

Вторая электронная версия Объединенного каталога (Consolidated Catalogue of Microbial Cultures Held in Russian Non-medical Collections. CD version, release 1.0 (Fall 2002), размещена в Интернете на Web-сайте ВКМ (http://www.vkm.ru), в формате электронной книги MS eReader в 5 томах на английском языке. Для просмотра используется программа Microsoft Reader 2.1, которую можно получить бесплатно на Web-сайте: http://www.microsoft.com/reader/. Публикация Сводного Каталога в виде электронной книги имеет целый ряд преимуществ перед общепринятым к настоящему времени HTML форматом, а именно:

• формат электронной книги гораздо удобнее и привычнее для пользователей;
• материалы электронных книг имеют сравнительно небольшой объем и удобны для пересылки с помощью сети Интернет.
• используется специально разработанный для электронных книг шрифт ClearType повышенной четкости и разрешения, размеры которого можно легко подбирать по желанию читателя
• пользователь может использовать привычные для него приемы работы с рабочим журналом, записной книжкой или книгой (не библиотечной): использовать закладки, выделять текст цветными маркерами, делать пометки и даже наброски цветными перьями на полях и страницах книги, вставлять текстовые комментарии и т.д.
• осуществлять мгновенный поиск нужных микроорганизмов, фрагментов текста (свойств микроорганизмов, условий культивирования и пр.), использовать электронный словарь, тезаурус и пр.
• каждая книга имеет оглавление с гипертекстовыми ссылками, запоминает место последнего просмотра, удобную систему нахождения нужных страниц.

Каталог распространяется также на дискетах и жестких дисках. Объединенный каталог, помимо преимуществ, представляемых им пользователям коллекций, является также первым реальным шагом в консолидации усилий складывающейся в различных организациях РФ сети специализированных коллекций микроорганизмов.

В ходе работы подготовлено 5 томов Сводного Каталога общим объемом около 6350 страниц:

• Том. I. Бактерии, 2160 стр., 1125 видов (485 KB)
• Том II. Грибы, 2262 стр., 1585 видов (511KB)
• Том III. Дрожжи, 1115 стр., 545 видов (312 KB)
• Том. IV. Водоросли, 716 стр. (227 KB)
• Том. V. Генетически модифицированные штаммы, 84 стр. (135 KB)

Схема построения каталога

Представленное по единому плану содержание каждого тома включает:

Введение, список коллекций, поддерживающих данную группу организмов, и их акронимов, список авторов представленных каталогов, принципы номенклатуры представленных организмов, обозначения использованных методов хранения и консервации культур, перечень питательных сред, их состав и способ приготовления. Для каждой коллекции указана контактная информация и данные по поддерживаемым культурам в алфавитном порядке видовых наименований.

Культуры, перечисленные в каталоге, расположены по группам: бактерии, включая актиномицеты, мицелиальные грибы, дрожжевые грибы, генетически модифицированные штаммы. В каждой группе названия таксонов расположены в алфавитном порядке, штаммы одного вида (подвида) перечисляются по их возрастающим номерам. Типовой штамм обозначается - Тип. В разделе бактерий приведены обозначения: Ас - актиномицеты и близкие формы, В - собственно бактерии и архебактерии, в разделе мицелиальных грибов - F, дрожжевых грибов - Y. Ниже приводятся примеры записи информации о штаммах бактерий (актиномицетов), мицелиальных и дрожжевых грибов с кратким пояснением.

Пример 1. Бактерии

Alcaligenes ruhlandii¹⁾ (Packer et Vishniac 1955) Aragno et Schlegel 1977²⁾
B³⁾-1333⁴⁾ Тип⁵⁾ <-- ИНМИ, BKM B-1333⁶⁾ <-- Заварзин ГА. ИНМИ - АТСС, АТСС 15749.⁷⁾ (АТСС 15749; DSM 653; IAM 12600; ICPB 3983; NCIB 11475; NCIMB 11475; CIP 77.26; LMG 1866, 2909; Davis D.H., 368; Vishniac W. (Hydrogenomonas ruhlandii).⁸⁾ Получен как: Pseudomonas ruhlandii ⁹⁾. Синоним: Pseudonumas ruhlandii Packer et Vishniac 1955¹⁰⁾ Тип.¹¹⁾ Почва¹³⁾ США.¹⁴⁾ (Среда 5, 30 С, Л-1, Л-3, К-1)¹⁵⁾ (684, 846)¹⁶⁾

Saccharopolyspora rectivirgula¹⁾ (Krassilnikov et Agre 1964) Kom-Wendisch et al. 1989²⁾
Ac³⁾-810⁴⁾ Тип⁵⁾ <-- Агре Н.С. ИБФМ, ИНМИ 683⁶⁾. (АТСС 33515; DSM 43747; JCM 3057)⁸⁾ Получен как: Micropolyspora rectivirgula. ⁹⁾ Синоним: Micropolyspora rectivlrgula (Krassilnikov et Agre 1964) Prauzer et Nomirova 1970 Тип¹⁰⁾, Faenia rectivirgula (Krassilnikov et Agre 1964) Kurup et Agre 1983 Тип¹¹⁾, Thennopolyspora rectivirgula Krassilnikov et Agre 1964¹⁰⁾ Тип¹¹⁾. Почва¹³⁾ Памир, Таджикистан.¹⁴⁾ (Среда 8, 50 С, Л-1, К-1)¹⁵⁾ (1027, 1034, 1035, 1357)¹⁶⁾

Пример 2. Мицелиальные грибы

Peniciliium brevicompactum¹⁾ Dierckx 1901²⁾
F³⁾-457⁴⁾ <-- ИНМИ, ВКМ F-457⁶⁾ <---ВНИИА, ВНИИА 178⁶⁾ <-- CBS, CBS 256.31.⁷⁾ (АТСС 10111; NRRL 859; CBS 256.31; IFO 5858; IMI 39824; QM 7б53).⁸⁾ Получен как: Penicillium stoloniferum Thom 1910.⁹⁾ Синоним: Penicillium stoloniferum Thom 1910¹⁰⁾ Тип.¹¹⁾ Гниющий шампиньон, Agaricus sp.¹³⁾, США, штат Коннектикут, Сторрз.¹⁴⁾ (Среда 11, 25 С, В-4, Л-1)¹⁵⁾(193)¹⁶⁾

Пример 3. Дрожжевые грибы

Cystofilobasidium inphimominiatum¹⁾ (Fell, Hunter et Tallman 1973) Hamamoto, Sugiyama et Komagata l988²⁾
Y³⁾-1265⁴⁾ Tип⁵⁾ <-- ИНМИ, BKM Y-1265⁶⁾ <-- CBS ЗЗЗ. ⁷⁾ (ВКМ Y-1112, 1497).⁸⁾ Получен как:
Rhodotorula infirmominiata (Okunuki 1931) Hasegawa et Banno 1964.⁹⁾ Синоним:
Rhodosporidium infirmominiatum Fell, Hunter et Tallman 1973¹⁰⁾ Тип.¹¹⁾ mt Al.¹²⁾ Воздух,¹³⁾ Токио, Япония.¹⁴⁾ (Среда 9, 20 С, Л-3, С4)¹⁵⁾ (314)¹⁶⁾

Краткое пояснение к схеме:

1) Название рода, вида, подвида; для бактерий, включая актиномицеты, - действительное, согласно спискам одобренных наименований; в некоторых случаях в кавычках приведены и недействительные к моменту издания каталога названия организмов. В разделе бактерий все действительные наименования даны п/ж курсивом, а недействительные - курсивом.

2) Автор(ы), описавший(ие) и переописавший(ие) вид (подвид), и год публикации (для бактерий и актиномицетов год валидации согласно спискам одобренных наименований).

3) Обозначение группы микроорганизмов в ВКМ: бактерии - В, актиномицеты - Ас, мицелиальные грибы - F, дрожжевые грибы - Y.

4) Номер штамма в ВКМ.

5) Штамм типовой для данного вида (подвида), указывается также: неотип, изотип и т.п.

6) Коллекция (приводится ее аббревиатура), лицо и/или организация, откуда получен штамм, под каким номером или обозначением передавался.

7) История штамма в хронологическом порядке передач, движение штамма показывается стрелкой.

8) В круглых скобках опознавательные символы данного штамма в ВКМ (дубликаты) и в некоторых других коллекциях (с учетом последних каталогов); здесь также могут указываться фамилии известных исследователей, обозначение, иногда наименование штамма в их рабочих коллекциях.

9) Наименование, под которым штамм поступил в ВКМ.

10) Синонимы и старые употребительные (для бактерий недействительные) наименования данного штамма. Эти названия в алфавитном порядке включены в списки, которые приводятся после основного текста каталога микроорганизмов, с отсылкой к соответствующему видовому названию. В разделе мицелиальных грибов: ам - анаморфа, st. - стадия.

11) Данный штамм был типовым для вида с прежним названием.

12) Типы спаривания для мицелиальных и дрожжевых грибов.

13) Субстрат выделения.

14) Географическое местоположение выделения штамма. Сделана попытка учесть изменения названий административных единиц (городов, республик, стран), которые имели место к моменту подготовки данного каталога, но это удалось не везде и в некоторых случаях оставлены названия, которые были в момент поступления штаммов в ВКМ; указывается ближайший населенный пункт.

15) Среда и температура культивирования, которые обеспечивают хорошее восстановление и развитие штамма после получения, а также методы хранения и консервации, используемые в ВКМ. Номер среды соответствует порядковому номеру в списке сред, приведенном в каталоге. Буквенно-цифровые обозначения соответствуют методам хранения и консервации, перечисленным в списке условных обозначений этих методов, приведенном далее.

16) Библиографическая ссылка; номер соответствует порядковому номеру в списке библиографии природных штаммов, приведенном в каталоге.

Условные обозначения методов хранения и консервации

• С-1. Субкультивирование аэробное в жидкой среде.
• С-2. Субкультивирование анаэробное в жидкой среде.
• С-3. Субкультивирование анаэробное в полужидкой среде.
• С-4. Субкультивирование аэробное на скошенном агаре.
• С-5. Субкультивирование на скошенном агаре под вазелиновым маслом.
• С-6. Субкультивирование в полужидкой среде под вазелиновым маслом.
• С-7. Субкультивирование анаэробное в столбике агара.
• С-8. Субкультивирование на скошенном агаре под водопроводной водой.
• В-1. Высушивание спор на фильтровальной бумаге.
• В-2. Высушивание спор на плотной питательной среде.
• В-3. Высушивание спор микроорганизмов с жидкой питательной среды в пробирках.
• В-4. Высушивание спор в почве.
• К-1. Криоконсервация в глицерине при - 196 С^о с высокой скоростью охлаждения.
• К-2. Криоконсервация в сахарозе при - 196 С^о с высокой скоростью охлаждения.
• К-3. Криоконсервация в сахарозо-желатиновом агаре при - 196 С^о с высокой скоростью охлаждения.
• К-4. Криоконсервация на дисках плотной среды в глицерине при - 196 С^о с высокой скоростью охлаждения.
• К-5. Криоконсервация при - 196 С^о с медленной скоростью охлаждения.
• К-6. Криоконсервация при -196 С^о со средней скоростью охлаждения.
• К-7. Криоконсервация на силикагеле.
• К-8. Криоконсервация при -70 С^о.
• К-9. Криоконсервация при -70 С^о на фильтровальной бумаге.
• К-10. Криоконсервация при температурах от -10 до -18 С^о в пробирках.
• Л-1. Лиофилизация в сепарированном молоке.
• Л-2. Лиофилизация культур с жидкой питательной среды в сахарозо-желатиновом агаре.
• Л-3. Лиофилизация культур с плотной питательной среды в сахарозо-желатиновом агаре.
• Л-4. Лиофилизация на таблетке сухого молока.
• Л-5. Лиофилизация культур с плотной питательной среды в лошадиной сыворотке