Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://www.parallel.ru/sites/default/files/cluster/rules/example.pdf Дата изменения: Wed Nov 2 11:53:59 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 03:05:34 2012 Кодировка: Windows-1251

ПАРАЛЛЕЛЬНЫЕ ВЫЧИСЛЕНИЯ
Исследование субстратной специфичности ферментов методами молекулярного моделирования
Г.Г. Чилов, В.К.Швядас НИИ физико-химической биологии им.А.Н.Белозерского МГУ Понимание молекулярных принципов субстратной специфичности ферментов является одним из ключевых вопросом биокатализа и биотехнологии, дизайна новых лекарственных препаратов, поиска метаболических мишеней, а также многих других фундаментальных и прикладных задач. С развитием экспериментальных методов для исследователей в последние годы открылся большой массив данных по структуре биомакромолекул. Однако согласование структурных данных с известными функциональными свойствами исследуемых объектов, а также их эффективное практическое применение требуют привлечения качественно новых научных подходов, таких как молекулярное моделирование. Методы молекулярного моделирования базируются на строгих теоретических представлениях о строении вещества,таких как молекулярная и квантовая механика. Они позволяют анализировать не только геометрические аспекты взаимодействия биомолекул (образование комплексов ферментсубстрат,лиганд-рецептор и т.д.),но и рассчитывать вклады отдельных аминокислотных остатков белка,основания ДНК или РНК в общую энергетику комплексообразования.С помощью молекулярного моделирования можно теоретически исследовать свойства еще не синтезированных соединений с биологическими мишенями.Моделирование биомакромолекул методами

Научноисследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им.М.В.Ломоносова (НИВЦ МГУ)
Директор проф. Тихонравов А.В. Россия 119992 Москва Воробьевы горы НИВЦ МГУ Тел.: (095) 939-5424 Факс: (095) 938-2136 E-Mail: nivc@.srcc.msu.ru http://www.srcc.msu.ru

Связывание бензилпенициллина в активном центре фермента пенициллинацилазы.

Вычислительный комплекс НИВЦ МГУ http://www.parallel.ru/cluster

молекулярной динамики предполагает интегрирование ньютоновских уравнений движения для сотен тысяч частиц,что предъявляет высокие требования к производительности вычислительного ресурса. Внастоящее время для решения подобного рода задач широко применяются кластерные системы на базе ПК, соединенных высокоскоростной межпроцессорной сетью. В рамках настоящего проекта проводится исследование двух участков активного центра фермента пенициллинацилазы методами молекулярной динамики [1]. Один из участков отвечает за связывание ацильной части, второй -- уходящей группы субстрата. Важность понимания субстратной специфичности пенициллинацилазы на молекулярном уровне обусловлена широким применением фермента в промышленных процессах модификации и синтеза бета-лактамных антибиотиков.
[1] Chilov G.G., Stroganov O.V., Svedas V.K. Substrate binding in the active site of penicillin acylase: molecular dynamical studies, abstract 1021, 8-th Session of the V.A.Fock School on Quantum and Computational Chemistry, 2004, V.Novgorod, Russia. http://qcc.ru/~fock/proceedings/1021/