Термином "системный анализ" называют несколько научных направлений, находящихся в ортогональном отношении друг к другу. Одно из них связано с анализом систем, описываемых дифференциальными уравнениями, другое - с анализом систем, поведение которых описывается случайными процессами, третье - с анализом дискретных взаимодействующих систем (возникающих например в результате формализации понятия взаимодействующих объектов из объектно-ориентированного программирования). Насколько мне известно, первое направление связано с кафедрой теории динамических систем, второе - с лабораторией больших случайных систем при кафедре теории вероятностей.