Молекулярная динамика.

Метод молекулярной динамики позволяет моделировать детальную микроскопическую картину внутренней подвижности макромолекулы. В его основе лежит расчет классических (ньютоновских) траекторий движения макромолекулы в фазовом пространстве координат и импульсов ее атомов, когда молекула рассматривается как система взаимодействующих классических частиц. Метод молекулярной динамики успешно используется в теоретических исследованиях структуры и динамики биологических макромолекул, жидкостей, газов и других молекулярных систем.

Ниже мы рассмотрим физико-математический аппарат, лежащий в основе группы методов, объединенных этим названием.

Здесь также приводятся примеры молекулярного кино, созданного с помощью этих методов. Молекулярное кино, это отображение молекулярной конформационной подвижности в реальном времени. Приведенные далее примеры иллюстрируют "жизнь молекул" в диапазонах от 0,5 до 10 пикосекунд:

Пример валентных колебаний тяжелоатомной модели этана.

Пример колебаний валентного угла тяжелоатомной модели пропана.

Пример вращения торсионного угла тяжелоатомной модели бутана.

Внутримолекулярная подвижность молекулы антрацена.

Плавление при высокой температуре фрагмента альфа-спирали белка.

Загрузить в виде AVI:

Пример валентных колебаний тяжелоатомной модели этана.

Пример колебаний валентного угла тяжелоатомной модели пропана.

Пример вращения торсионного угла тяжелоатомной модели бутана.

Внутримолекулярная подвижность молекулы антрацена.

Плавление при высокой температуре фрагмента альфа-спирали белка.

<< Назад || Вперед >>

Обратно в оглавление