|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/monkar4.html
Дата изменения: Sun Oct 10 11:10:10 1999 Дата индексирования: Mon Oct 1 20:10:19 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Молекулярная динамика с Window Moves.
Особый интерес представляет одно из видоизменений метода Монте-Карло - метод Window Moves (WM). В этом методе вместо того, чтобы на каждом шаге счета изменять все торсионные углы (SM - simple moves), WM - генерирует локальные конформационные изменения в пределах нескольких рядом лежащих аминокислот, обычно трех. Эти аминокислоты каждый раз выбирают случайно. В целом WM генерирует конформации с более низкими энергиями, чем SM. В результате SM преимущественно получаются квази-циклические и компактные структуры. При моделировании с WM могут получаться как открытые структуры, в т.ч. a -спирали, так и компактные глобулярные конформации.
Литература: