Учет влияния среды в молекулярной динамике.

Проблема учета влияния кружающей среды на конформационную подвижность изучаемых молекул в рамках метода молекулярной динамики решается двумя способами: явным введением в уравнения движения дополнительного потенциала и явным учетом окружения с добавлением в систему молекул окружающей среды. Добавление в систему дополнительных молекул среды существенно увеличивает объем расчетов (пропорционально квадрату числа атомов) и поэтому мало применимо к расчету молекулярной динамики биологических макромолекул. Однако существует модификация этого подхода, связанная с вводом периодических граничных условий, что позволяет уменьшить объем системы. Дополнительный потенциал в уравнениях движения не может быть универсальным для разных систем и его тип сильно привязан к конкретной задаче.

<< Назад || Вперед >>

Обратно в оглавление