Высшая школа бизнеса МГУ как обособленное структурное подразделение Московского университета была создана приказом Ректора МГУ им. М.В.Ломоносова в марте 2001 года в соответствии с решением Ученого Совета МГУ и в связи с завершением строительства здания Высшей школы бизнеса, полученного Московским Университетом в дар от Японского государства.

В ноябре 2002 года приказом ректора Московского государственного университета Высшая школа бизнеса была переименована в Высшую школу бизнеса (факультет) МГУ.

До выделения в самостоятельное структурное подразделение МГУ в марте 2001 года Высшая школа бизнеса, начиная с 1993 года, осуществляла свою деятельность на базе экономического факультета МГУ.