Ботанический сад Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова ведет свою историю с 1706 г., когда на окраине Москвы близ Сухаревой башни по указу Петра I был заложен Аптекарский огород. Его назначением было выращивание лекарственных растений для нужд армии. По преданию, царь собственноручно посадил в нём несколько деревьев. Огород принадлежал сначала Аптекарскому приказу, затем Московскому госпиталю, а к концу XVIII века - Медико-хирургической академии. После переезда Академии в Санкт-Петербург огород оказался заброшен.
В 1805 г. бывший аптекарский огород был приобретен Московским университетом и стал называться Ботаническим садом. К этому времени помимо коллекции лекарственных растений здесь уже выращивалось разнообразные экзоты. Заведовать садом был приглашен Георг Франц Гофман, профессор ботаники из Геттингенского университета. Под его руководством сад был приведен в цветущее состояние, издан первый каталог коллекции.
Ботанический сад сильно пострадал во время пожара 1812 г.: сгорели оранжереи, многие книги и гербарные коллекции. Для восстановления Сада пришлось продать часть территории.
