Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://www.chem.msu.ru/rus/vmgu/085/abs001.html
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Fri Feb 28 02:12:12 2014
Кодировка: Windows-1251
Вестник Московского Университета. Химия 2008, том 49, ? 5, стр. 291-294
ChemNet
 
Вестник Московского Университета, серия "Химия"
Следующая статья Содержание  

И.А. Калиман, А.А. Московский, С.С. Конюхов, А.В. Немухин

Моделирование протонного транспорта в канале грамицидина А

Реферат

Представлены результаты расчетов профилей свободной энергии для процесса переноса протона вдоль ориентированной цепочки молекул воды в канале грамицидина А. Использован оригинальный вариант метода молекулярной динамики с жесткими фрагментами для описания движений пептидных групп канала и внешних молекул воды. Моделирование внутренней цепи, состоящей из молекул воды осуществлялось при помощи параметров силового поля PM6, позволяющего описывать разрывы и образование химических и водородных связей в молекулах воды. Рассмотрены разные механизмы переноса протона через канал грамицидина А: стадии переноса протона H+, анионного дефекта OH- и переориентации молекул воды в канале. Параллельная схема расчета траекторий реализована путем разделения координаты реакции на сегменты, а объединение результатов проводилось по методу взвешенных гистограмм. Показано, что процессы перемещения и протона, и аниона OH- являются безбарьерными. Энергетический барьер характерен лишь для стадии переориентации водной цепи внутри канала.

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2008, том 49, ? 5, стр. 291-294


Copyright (C) Химический факультет МГУ, 2008



Сервер создается при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований
Не разрешается  копирование материалов и размещение на других Web-сайтах
Вебдизайн: Copyright (C) И. Миняйлова и В. Миняйлов
Copyright (C) Химический факультет МГУ
Написать письмо редактору