|
Локальная оптимизация комплексов белок - лиганд с учетом растворителя
К.М.Федулов, И.В.Оферкин, С.Н. Жабин, А.В.Сулимов, В.Б.Сулимов
Работа посвящена разработке программы, реализующей оптимизацию энергии молекул, в том числе белков, с
учетом влияния растворителя. Докинг - это позиционирование молекул - кандидатов в ингибиторы в активном
центре белка - мишени и оценка их энергии связывания. Основная задача докинга, нахождение глобального
минимума энергии связывания белок - лиганд, выполняется программой докинга, в которой белок считается
жестким. Одним из существенных недостатков большинства программ докинга, является слишком грубый учет
растворителя. Для улучшения оценки энергии связывания, после докинга необходимо проводить оптимизацию
как по координатам лиганда, так и по координатам белка.
В связи с этим разработана программа, реализующая
локальную оптимизацию энергии комплекса белок-лиганд методом L-BFGS, с учетом влияния растворителя.
Для учета растворителя используется оригинальная программа TAGSS, реализующая построение молекулярной
поверхности недоступной растворителю, и разработана программа, в которой реализованы три метода континуальной
модели растворителя: PCM, COSMO и обобщенная модель Борна. Проведена ее валидация на малых молекулах.
Оптимизатор был применен для уточнения энергии связывания ингибиторов с урокиназой
|