Александра Борисовна Рахманинова

доцент ФББ,
с.н.с. УНЦ "Биоинформатика" ИППИ РАН,
кандидат биологических наук,
выпускница кафедры биофизики биофака МГУ

Контакты:

Телефон: увы, пока нет, т.к. мы переехали в 631 (корпус "Б")

E-mail: abr@belozersky.msu.ru

Ссылки:

Научно-исследовательская группа

сайт ФББ

УНЦ "Биоинформатика" ИППИ РАН

Область научных интересов:

• cравнительная геномика
• функциональная геномика
• связь функции и структуры белков
• история науки и ...
• Публикации

Научное руководство на ФББ:

• дипломные проекты
• курсовые проекты

Новости

"Эволюция операторов в бактериальных геномах"

Краткий комментарий. Оператором называют участок ДНК перед геном, в котором есть сайт(ы) связывания регуляторных белков. Некоторые операторы устроены очень сложно: сайт на сайте. Есть основания полагать, что можно восстановить, по крайней мере, для некоторых случаев последовательность событий, приведшую к формированию сложных операторов.
Методы
Главный метод – думать !
Обязательно будут биоинформатические методы - работы с БД, с текстами геномов, построение филогенетических деревьев, статистика на уровне Excel и т.п.
Возможно несложное программирование.
Требования к студенту
Хотим, чтобы в нашу группу пришел умный и любопытный студент, работающий настолько аккуратно, чтобы его результатам можно было доверять.

В 2008г. у нашей группы снова есть возможность пригласить студентов ФББ для выполнения курсовых проектов.
Есть на выбор разные задачки, чисто биоинформатические, программисткие и даже алгоритмические

Первая тема – исследование особенностей ДНК-белкового взаимодействия у разных семейств бактериальных регуляторов транскрипции.
2 задачки для первого или второго курса – биоинформатические исследования,
пара задачек для студентов постарше — программирование на языке Java.
Тьютор– А.Б.Рахманинова, помощник – студент IV курса Юра Коростелев.

Вторая тема – разработка и тестирование метода автоматического разбиения белкового семейства на функционально различающиеся подсемейства.
2 задачки, связанные с программированием, для студентов не младше 2-го курса,
одна – биоинформатическое исследование.
Тьютор–А.Б.Рахманинова, помощник – студент V курса Паша Мазин, консультанты – О.Калинина и О.Лайкова

Заинтересованных студентов просим писать письма и/или ловить нас за пуговицу:)

Дипломные проекты

Курсовые проекты

2008

- Д.Митева и В.Степанова (1 курс)
  Белок-ДНКовые корреляции в суперсемействе факторов транскрипции CRP-FNR
  тьютор А.Б. Рахманинова 
- А.Попова (3 курс)
  Программа для поиска коэволюционирующих позиций в белковом или нуклеотидном выравнивании.
  тьюторы А.Б. Рахманинова, А.А.Миронов 

2007

- Ю.Коростелев (4 курс)
  Белок-ДНКовые взаимодействия в семействе факторов транскрипции LacI
  тьютор А.Б. Рахманинова 
- Д.Решетов. (4 курс)
  Иерархическая кластеризация групп ортологов
  тьюторы А.Б. Рахманинова, А.А.Миронов 

2006

- П.В. Мазин (4курс)
  Предсказание специфичности в семействе ОРА, 
  SDPlight - быстрый метод поиска позиций, определяющих специфичность
  в белковых выравниваниях
  рук. О.В.Калинина, ст.рук. А.Б.Рахманинова 
- Ю.Коростелев (3 курс)
  Позиционно-специфические корреляции между аминокислотными последовательностями
  ДНК-связывающих доменов LACI-семейства и нуклеотидными последовательностями их
  операторов
  рук. А.Б. Рахманинова 
- Моросанова М.А. (2 курс)
  Предсказание позиций, определяющих функциональную специфичность в белках
  бактериальных двухкомпонентных систем
  рук. О.В.Калинина, ст.рук. А.Б.Рахманинова 

2005

- А.Ким (2 курс) 
  Есть ли особенности в аминокислотных последовательностях 
  транспортеров из термофильных бактерий?
  руководитель О.В. Калинина, ст. рук. А.Б. Рахманинова

- А.Кривошей (2 курс).
  Исследование специфичности мембранных транспортеров семейства OPA
  руководитель О.В. Калинина, ст. рук. А.Б. Рахманинова

- Ю.Коростелев (2 курс)
  Моделирование взаимодействия RbsR_Ecoli с его оператором
  руководители А.Б. Рахманинова и А.В. Головин

- Д.А.Решетов (2 курс).
  Исследование специфичности мембранных транспортеров семейства DAACS
  руководитель О.В. Калинина, ст. рук. А.Б. Рахманинова 

- О.Коборова (3 курс)
  Разработка новой версии программы распознавания SDP и классификации
  белков 
  руководитель О.В. Калинина, ст. рук. А.Б. Рахманинова
  (диплом за лучший стендовый доклад на студенческой конференции)

2004

- О.Коборова (1 курс)
  Анализ аминокислотных остатков, определяющих различия в 
  функциональной специфичности белков семейства гуанилат-и 
  аденилатциклаз с помощью метода SDPpred
  руководитель О.В. Калинина, ст.рук. А.Б. Рахманинова
  (диплом за лучший стендовый доклад на студенческой конференции) 

- И.Игнатович (1 курс)
  Моделирование взаимодействия рибозного регулятора кишечной палочки
  с его оператором
  руководители А.Б.Рахманинова, А.В.Головин 

- С.Еремеев (1 курс)
  руководитель О.В. Калинина, ст.рук. А.Б. Рахманинова