Образование в магистратуре осуществляется по следующим магистерским программам:

1. Теоретическая физика
2. Математическая физика
3. Биофизика
4. Физика молекулярных процессов и экстремальных состояний вещества
5. Физика конденсированных сред и сложных систем
6. Физика наносистем
7. Математические методы в квантовой теории поля и статистической механике
8. Медицинская физика
9. Оптика и спектроскопия, физика лазеров и синхротронного излучения
10. Системный анализ, физико-математическое моделирование и управление
11. Физика частиц и космологии
12. Физика элементарных частиц
13. Физика фундаментальных взаимодействий
14. Физика ускорителей и радиационной медицины
15. Физика атомного ядра и квантовая теория столкновений
16. Космическая физика и астрофизика космических лучей
17. Физика плазмы
18. Физика ядра и элементарных частиц
19. Нейтронная физика и физика наносистем
20. Дифракционные и ядерно-резонансные методы исследования конденсированных сред
21. Физика полупроводников
22. Физика функциональных наноматериалов
23. Физика магнитных явлений
24. Физика низких температур
25. Физика квантовых кооперативных явлений
26. Квантовые и нелинейные колебательные системы
27. Волны в структурированных средах
28. Физическая электроника
29. Нелинейная оптика и лазерная физика
30. Физическая и прикладная акустика
31. Квантовая электроника и квантовая оптика
32. Физика атмосферы и околоземного космического пространства
33. Физика Земли
34. Физика моря и вод суши
35. Информационные технологии в физике
36. Фундаментальная астрономия и астрофизика
37. Инженерная физика