Поиск сотрудников физического факультета
Кафедра биофизики
Фамилия: Попцова
Имя: Мария
Отчество: Сергеевна
Ученая степень: к.ф.-м.н.
Должность: научный сотрудник
Телефон: +7 (495) 939-11-95
Email: maria.poptsova@gmail.com
Страница в интернете: http://dnapunctuation.org/~poptsova
Научная биография: В 1995 году окончила кафедру биофизики физического факультета Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова. В 1993 году училась в Амстердамском университете в группе клеточной биофизики Института нейробиологии. В 1997 году основала компанию Janus Systems (janussys.ru), работающую в области математической лингвистики, в частности, занимающуюся разработкой алгоритмов машинного перевода и созданием многоязычных словарей. Издатель мультимедийного англо-русского иллюстрированного словаря 'Янус' (2002). В 2004 году защитила кандидатскую диссертацию 'Трансформация автоволн в локально неоднородных активных средах' (кафедра биофизики физического факультета МГУ). С 2005 по 2009 работала на факультете молекулярной и клеточной биологии Коннектикутского университета (Molecular and Cell Biology Department, University of Connecticut). Работала по гранту НАСА в рамках программы Applied Information Systems Research (AISR) program (http://aisrp.nasa.gov/ ). Участвовала в разработке алгоритмов по обработке больших массивов данных (в применении к биологическим системам) и реализации данных алгоритмов методом параллельных вычислений на кластерных системах (параллельных суперкомпьютерах) на основе Unix. С 2010 по 2011 работала в Институте вычислительной биомедицины Корнелльского университета (Institute for Computational Biomedicine, Cornell University). Разрабатывала алгоритмы вычисления степени влияния CNVs на биологические пути. Занималась анализом данных секвенирования второго поколения с целью выявления эндогенных причин разрыва генома при агрессивных формах раковой опухоли. C октября 2012 года - научный сотрудник кафедры биофизики.
Основные публикации: Fenglou Mao, David Williams, Olga Zhaxybayeva, Maria Poptsova, Pascal Lapierre, J Peter Gogarten, Ying Xu (2012) Quartet decomposition server: a platform for analyzing phylogenetic trees. BMC Bioinformatics 13:123 Rybalko S, Larionov S, Poptsova M, Loskutov A. (2011) Intermittency as a universal characteristic of the complete chromosome DNA sequences of eukaryotes: from protozoa to human genomes. Phys Rev E Phys. Rev. E 84, 042902. Poptsova MS, Gogarten JP (2010) Using comparative genome analysis to identify problems in annotated microbial genomes. Microbiology 156, 1909-1917; Poptsova MS, Larionov SA, Ryadchenko EV, Rybalko SD, Zakharov IA, et al. (2009) Hidden Chromosome Symmetry: In Silico Transformation Reveals Symmetry in 2D DNA Walk Trajectories of 671 Chromosomes. PLoS ONE 4(7): e6396. Poptsova MS, Gogarten JP (2007) BranchClust: A phylogenetic algorithm for selecting gene families. BMC Bioinformatics 8:120 Poptsova MS, Gogarten JP (2007) The power of phylogenetic approaches to detect horizontally transferred genes. BMC Evolutionary Biology 7:45
Дополнительная информация: член программного комитета международного симпозиума по биоинформатическим исследованиям и приложениям (ISBRA, International Symposium on Bioinformatics Research and Applications). Рецензент международных научных журналов Bioinformatics, BMCGenomics, Nucleic Acid Research, DNA Research, PloS Computational Biology, PloS ONE, Genes
