Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~smivic/Projects/Term_5/SCOP_CATH.html
Дата изменения: Tue Dec 14 00:49:14 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:39:23 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Главная | Проекты | Семестры |
Структурное выравнивание доменов из 1FX2 и 1U0S.
Классификация доменов согласно SCOP
В моем белке 1NZJ 1 домен по данным SCOP (вся цепь A):
Protein: Glutamyl-Q tRNA-Asp synthetase YadB from Escherichia coli
- Class: Alpha and beta proteins (a/b) [51349]
Mainly parallel beta sheets (beta-alpha-beta units)
Альфа и бета белки, в основном параллельные бета-листы- Fold: Adenine nucleotide alpha hydrolase-like [52373]
core: 3 layers, a/b/a ; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145
Укладка "Аденин нуклеотид альфа-гидролаза подобная", такую укладку имеют 3 суперсемейства- Superfamily: Nucleotidylyl transferase [52374]
Суперсемейство: Нуклеотидил трансферазы (включает 5 семейств)- Family: Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain [52375]
contains a conserved all-alpha subdomain at the C-terminal extension
Семейство: I аминоацил тРНК-синтетазы, каталитический домен
В моем белке больше нет доменов, поэтому для описания я взяла белок с PDB ID 1Z3E. По данным SCOP он содержит два домена:
Protein: C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit from Bacillus subtilis (участок цепи b:245-311)
- Class: All alpha proteins[46456]
Класс: все альфа белки- Fold: SAM domain-like[47768]
4-5 helices; bundle of two orthogonally packed alpha-hairpins; involved in the interactions with DNA and proteins
Укладка: SAM-домен подобная, 4-5 спиралей, узел из двух ортогональных "альфа-шпилек" (16 суперсемейств имеют такую укладку)- Superfamily: C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit[47789]
contains one classic and one pseudo HhH motifs
Суперсемейство: С-концевой домен РНК-полимеразы, альфа-субъединица (содержит 1 семейство)- Family: C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit [47790]
Protein: Regulatory protein Spx from Bacillus subtilis (участок цепи a:1-114)
- Class: Alpha and beta proteins (a/b) [51349]
Mainly parallel beta sheets (beta-alpha-beta units)
Альфа и бета белки, в основном параллельные бета-листы- Fold: Thioredoxin fold [52832]
core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 4 strands, order 4312; strand 3 is antiparallel to the rest
Укладка: "Тиредоксиновая" (такую укладку имеют 2 суперсемейства- Superfamily: Thioredoxin-like [52833]
Суперсемейство: тиредоксин-подобные- Family:ArsC-like [69518]
Pfam 03960
Классификация доменов согласно CATH.
CATH, в отличие от SCOP, выделяет в моем белке 1NZJ два домена:
Однако оба домена еще не классифицированы (CATH пишет "This domain is in the HOMCHECK_REVIEW flow stage and therefore has not yet been assigned to a homologous superfamily in CATH.")
В белке 1Z3E домены выделены так же, как в SCOP (но классификация для одного из них так же недоступна):
Домен 1: цепь A, остатки 0-118
Домен 2: цепь B, остатки 245-311. CATH Code: 1.10.150.20.2.1.1.1.1
Классификация:
- Класс: 1 Mainly Alpha
- Архитектура: 1.10 Orthogonal Bundle
- Топология: 1.10.150 DNA polymerase; domain 1 (23 суперсемейства)
- Суперсемейство: 1.10.150.20 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain (25 семейств)
Остальные уровни классификации имеют только номер.
Отличия SCOP и CATH.
Мне попались домены, описанные в SCOP, но не классифицированные в CATH.
Сравним данные по SCOP и CATH для С-концевого домена 1Z3E b:245-311, который классифицирован в обеих базах.
- Класс - в обеих базах альфа белки.
- Архитектура - только в CATH
- Укладка - ортогональный узел по обеим базам
- Суперсемейство - С-концевой домен; РНК-полимеразы по SCOP, экзонуклеазы - по CATH.
- границы в цепи - совпадают
Выравнивание доменов из одной топологии.
Топология (по CATH) Porin, два домена из разных суперсемейств:
- Класс: 3 Alpha Beta
- Архитектура: 3.30 2-Layer Sandwich
- Топология: 3.30.70 Alpha-Beta Plaits
- Суперсемейство: 3.30.70.1110 CheY-binding domain of CheA. Chain A
- 3.30.70.1110.1.1.1.1.1
- PDB ID 1u0s chain A 175-260
- Суперсемейство: 3.30.70.1230 Adenylyl Cyclase, chain A
- 3.30.70.1230.1.1.1.1.1
- PDB ID 1fx2 chain A 888-1122
По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдено геометрическое ядро с порогом 2 A:
Pos. 1FX2_A 1U0S_A 14 THR901 LYS177 15 LEU902 THR178 16 ILE903 PHE179 17 PHE904 TYR180 18 THR905 ILE181 43 ARG930 TYR197 46 ARG933 PHE200 47 SER934 HIS201 50 GLY937 GLU204 51 ARG938 GLU205 52 TYR939 LEU206 53 LYS940 LYS207 54 CYS941 CYS208 55 TYR942 GLU209 56 GLU943 VAL210 57 VAL944 VAL211 58 LYS945 ARG212 59 THR946 THR213 60 VAL947 ILE214 75 ASP949 VAL229 76 SER950 GLU230 77 PHE951 LEU231 78 MET952 PHE232 79 ILE953 VAL233 80 ALA954 ILE234 93 GLU967 ALA245 94 LEU968 LEU246 101 HIS975 ALA250 147 ARG1020 ARG254 149 ARG1022 ILE256 150 VAL1023 ILE257 151 GLY1024 LYS258 152 ILE1025 GLU259
Скрипт для PyMOL.
Полученное в PyMOL изображение наложения геометрического ядра:
Видно, что у доменов из одной топологии действительно есть очень похожие элементы.