Учебный сайт Смирновой Виктории

Впечатления от сравнения видов записи в UniProt, SRS и MRS.

MRS: Очень удобное поле FT: при наведении на ту или иную особенность программа отображает ее место в последовательности (выделяет в общей последовательности).
SRS: Для каждой публикации есть ссылка на доступные форматы файла в PubMed. Особенности FT можно вывести отдельно с краткой информацией о белке и элементом последовательности.
UniProt: Напротив каждой особенности FT участка цепи - графическое отражение относительного расположения участка в цепи, так же как в SRS, можно вывести информацию об этом участке отдельно, с выделенными, как в MRS, аминокислотами.


Использование возможностей страницы с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt в SRS.

• Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
  
  • gambusia
  • gammaherpesvirinae
  • gammapapillomavirus
  • gammaproteobacteria
  • gammaretrovirus
  • gammaridea
  
  
• Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"
  • gammaproteobacteria
  
  
• Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
  • 83513
  
  

Поиск через SRS в банке SwissProt белков гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией GLUQ_ECOLI.

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase	gammaproteobacteria & Glutamyl-Q & tRNA?Asp? & synthetase	42

Последовательности найденных белков в fasta.


Поиск через SRS в банке MEDLINE.

Статьи последних двух-трех лет, в аннотациях которых упоминается GLUQ_ECOLI:

Строка запроса	Количество найденных документов
Glutamyl-Q & tRNA?Asp? & synthetase	0*

^*Не найдено ни одной статьи, которая содержала бы в аннотации какие-либо синонимы Glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase. Так, в статьях, использованных для написания документа в UniProt и лежащих на Medline, белок не упоминается в аннотации.

В MEDLINE 27 статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах.
Для поиска статей в поле "Authors" был введен запрос "Ne*a*h,A.A.", в поле "Year" был выбран диапазон 1970-1979 гг.
Судя по темам статей, автор изучал миграцию только что синтезированной РНК во время митоза; стадии реализации генетической информации и способы ядерного контроля над синтезом белков в раннем развитии; экспрессию и время функционирования генов, контролирующих активность альдолаз, эстераз, оксидаз и пр. В основном занимался процессами на эмбриональной стадии развития.