Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~smivic/Projects/1NZJ/Aln_3D.html
Дата изменения: Thu May 21 19:48:02 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:47:23 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Главная | Проекты | Семестры |
- Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков.
Пространственное наложение структур двух белков (PDB файл)
На основе этого наложение было выполнено выравнивание двух последовательностей:
Мое выравнивание в формате msf.
- Сравнение моего выравнивания с полученным с помощью needle.
Выравнивание, полученное с помощью needle (файл msf):
Первые половины выравниваний довольно похожи: можно заметить одинаковые совпадающие или сходные участки, хотя есть и участки, присутствующие только в одном из выравниваний. В выравнивании needle выделенных (схожих/идентичных) фрагментов больше, что говорит о том, что эти совпадения либо случайны, либо различия в других участках привели к такому различию в форме молекулы, что гомологичные участки разошлись в пространстве.
Вторую часть последовательностей программа needle выровняла совсем иначе, чем я: нет ни одного совпадающего идентичного/сходного участка: в выравнивании needle оказалось больше длинных пропусков, но вес за счет случайных совпадений оказался больше, чем в реальном выравнивании, построенном на основе пространственного наложения.
То есть, как и следовало ожидать, выравнивание с большим весом не оказалось правильнее - случайные совпадения менее весомый аргумент в пользу гомологичности белков, чем высокое сходство пространственного строения.