|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~smivic/Projects/1NZJ/Aln2.html
Дата изменения: Thu May 21 19:48:26 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:25:57 2012 Кодировка: Windows-1251 |
| Главная | Проекты | Семестры |
1. Работа в командной строке Linux.
1) Смена активной директории и просмотр содержимого директорий. Результаты выполнения команд:
- команда "ls" отобразила список всех файлов и папок в активной (на данный момент - моей личной) директории
- команда "ls .." отобразила содержимое директории, находящейся выше активной
- команда "cd .." сделала активной наддиректорию прежней активной директории (это видно при повторном использовании "ls")
- команда "pwd" отобразила путь к моей директории
- если понажимать клавиши "стрелка верх" и "стрелка вниз", можно выбрать одну из ранее набранных команд, изменить ее, если нужно, и выполнить повторно
- команда "history" выводит историю выполнения мной команд
2) Создание и просмотр файлов.
С помощью программы seqret в директорию был скачан новый файл gluq_ecoli.fasta. Команда "more gluq_ecoli.fasta " вывела на экран содержимое файла - fasta-последовательность моего белка. С помощью программы entret в директорию был скачан новый файл gluq_ecoli.entret. Команда "more gluq_ecoli. entret " вывела на экран содержимое файла - данные банка SwissProt о моем белке.
2.Построить и сравнить оптимальные глобальное и оптимальное локальное выравнивание 2-х последовательностей
1) Построить полное (глобальное) оптимальное выравнивание с помощью программы needle пакета EMBOSS.
Созданный с помощью needle файл aln.needle содержит выравнивание двух последовательностей - моего белка и родственного ему. Кроме самого выравнивания, в файле есть информация о нем: длина, % сходства, % идентичности, % гэпов и вес.
При увеличении штрафов за гэпы выравнивание изменилось - уменьшились все параметры: длина, % сходства, % идентичности, % гэпов и вес.
2) Построить локальное (частичное) оптимальное выравнивание с помощью программы water пакета EMBOSS.
Структура файлов, созданных с использованием алгоритма water - такая же, как и для needle. Изменение параметров так же привело к изменению выравнивания.
Файлы выравниваний:
needlewater
- aln_needle.msf (aln.needle) - стандартные параметры (Gap_penalty: 10.0, Extend_penalty: 0.5)
- aln1_needle.msf (aln1.needle) - вдвое большие параметры
- aln_water.msf (aln.water) - стандартные параметры
- aln1_water.msf (aln1.water) - вдвое большие параметры
- aln2_water.msf (aln2.water) - вдвое меньшие параметры
Сравнение выравниваний
- Есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
Да, например позиции ?233 в aln N 1-ой последовательности сопоставлено значение S, в aln1 сопоставлено значение D.
Aln GLUQ_ECOLI 233 NHAPALPKGDPRPVLI-----------AALQFLGQQAEAHWQD--FSVEQ 269 : || .|.| |.|.:|.:...||..| |::|| SYE_NEIM0 247 S-------GD--TVAITDFGAMGILPEAMLNYLARLGWAHGDDEFFTMEQ 287 Aln1 GLUQ_ECOLI 233 --NHAPALPKGDPRPVLIAALQFLGQQAEAHWQD--FSVEQILQSAVKNW 278 :.......|....:..|.|.:|.:...||..| |::||.::...... SYE_NEIM0 247 SGDTVAITDFGAMGILPEAMLNYLARLGWAHGDDEFFTMEQFIEWFDLKD 296- Есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
Да, например позиции ?112 в aln G 1-ой последовательности сопоставлено значение T, в aln2 сопоставлено значение G.
Aln GLUQ_ECOLI 107 RIQSI--------GGIYDGHCR-----VLHHGPDNAAVRIRQQHP---VT 140 .:::: ...||...| .|...|......:|.:.| || SYE_NEIM0 106 ELEAMREKAEKEGTATYDRRWRPEAGKTLPEIPAGVQPVVRFKTPLDGVT 155 Aln2 GLUQ_ECOLI 95 QGLSYYCTCTRARIQSI-------G-GIYD-------GHCRVLHHGPD-N 128 :|.:|||.|::..:::: | ..|| | :.| |: . SYE_NEIM0 94 KGDAYYCYCSKEELEAMREKAEKEGTATYDRRWRPEAG--KTL---PEIP 138- Есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
Да, например позиции ?1 в aln M 1-ой последовательности сопоставлено значение M, в aln1 cопоставлен пропуск.Aln GLUQ_ECOLI 1 MTDTQYIGRFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPP 50 ||... ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|.. SYE_NEIM0 1 MTVKT---RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLA 47 Aln1 GLUQ_ECOLI 1 MTDTQYIGRFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPP 50 .....||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|.. SYE_NEIM0 1 ---MTVKTRFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLA 47- Есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
Да, например позиции ?52 в aln2 E 1-ой последовательности cопоставлен пропуск, в aln1 сопоставлено значение S.Aln2 GLUQ_ECOLI 50 PREVPGAAET---ILRQLEHYGLHWD--GDVLWQSQRHDAYREALAWLHE 94 .| ..||: ||..::..||.:| |:|::|::|.|.|:|.:|.|.| SYE_NEIM0 47 AR---STAESVNIILDGMKWVGLDYDNAGNVVYQTRRFDRYKEVIAELLE 93 Aln1 GLUQ_ECOLI 9 RFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPPREVPGAAE 58 ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|..|....:.. SYE_NEIM0 6 RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLARSTAESVN 55- Соответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей?
Да. В середине последовательностей практически все фрагменты со сходными/совпадающими буквами длиной больше одного совпадают - в основном все различия встречаются на участках с большими промежутками, где встречаются только отдельные пары сходных/совпадающих букв, которые не являются целыми выравненными фрагментами. Но есть существенная разница в выравнивании фрагментов по краям последовательностей, т. к. water из выравниваний Aln и Aln1 по каким-то причинам вообще исключила первый/последний фрагмент:Aln GLUQ_ECOLI 9 RFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPPREVPGAAE 58 ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|..|....:.. SYE_NEIM0 6 RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLARSTAESVN 55 GLUQ_ECOLI 191 GADLIEPTVRQISLYQLFGWKVPDYIHLPLALNPQGAKLSKQNHAPALPK 240 |.|.:..|.:||::.:..|..:|:|.|||:.||.||.|:||:: SYE_NEIM0 205 GDDHVNNTPKQINILKAIGATLPEYGHLPMILNEQGKKISKRS------- 247 GLUQ_ECOLI 241 GDPRPVLI-----------AALQFLGQQAEAHWQD--FSVEQILQ 272 || .|.| |.|.:|.:...||..| |::||.:: SYE_NEIM0 248 GD--TVAITDFGAMGILPEAMLNYLARLGWAHGDDEFFTMEQFIE 290 Aln1 GLUQ_ECOLI 9 RFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPPREVPGAAE 58 ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|..|....:.. SYE_NEIM0 6 RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLARSTAESVN 55 GLUQ_ECOLI 191 GADLIEPTVRQISLYQLFGWKVPDYIHLPLALNPQGAKLSKQN 233 |.|.:..|.:||::.:..|..:|:|.|||:.||.||.|:||:: SYE_NEIM0 205 GDDHVNNTPKQINILKAIGATLPEYGHLPMILNEQGKKISKRS 247 Aln2 GLUQ_ECOLI 1 MT-DTQYIGRFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDP 49 || .| ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|. SYE_NEIM0 1 MTVKT----RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDL 46 GLUQ_ECOLI 223 NPQGAKLSKQ---------------------N--------H--------- 234 |.||.|:||: | | SYE_NEIM0 237 NEQGKKISKRSGDTVAITDFGAMGILPEAMLNYLARLGWAHGDDEFFTME 286 GLUQ_ECOLI 235 -------------APA------L-----------PKG------DPR---- 244 :|: | |.| .|| SYE_NEIM0 287 QFIEWFDLKDVSPSPSRMDLKKLYWINGEHIKITPNGKLAELVKPRLALR 336 GLUQ_ECOLI 245 -------PVL--IAAL-----Q-----------FLGQQ--AEA----HWQ 263 |.| :.|| | |..:| .|| ||. SYE_NEIM0 337 DIHETEKPALEDVLALVKDRAQDLNTLADECLYFYVKQTPTEADVQKHWD 386 GLUQ_ECOLI 264 DFSVEQILQSA-----VKNWRLTAV-----P---ESAI----VNSTFSNA 296 |.:..::|:.| :::|...|: | |..| :......| SYE_NEIM0 387 DEAAARMLRFAERLEGLEDWNTEAIHDLFKPFCDEEGIKMGKLGMPLRLA 436 GLUQ_ECOLI 297 SC 298 .| SYE_NEIM0 437 VC 438 *Жирным шрифтом выделены некоторые крупные cходные фрагменты, присутствующие не во всех вариантах выравнивания.- Совпадают ли локальные выравнивания с соответствующими частями глобальных выравниваний?
За исключением уже упомянутых "обрезанных" краев у Aln1.water и Aln.water участки глобальных и локальных выравниваний с одинаковыми штрафами за гэпы совпадают (фрагмент 9-272 Aln.needle (номера позиций - по последовательности GLUQ_ECOLI) полностью совпадает с выравниванием Aln.water, фрагмент 9-232 Aln1.needle соответствует выравниванию Aln1.water без последней колонки):Aln.needle GLUQ_ECOLI 1 MTDTQYIGRFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPP 50 ||... ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|.. SYE_NEIM0 1 MTVKT---RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLA 47 GLUQ_ECOLI 51 REVPGAAETILRQLEHYGLHWD--GDVLWQSQRHDAYREALAWLHEQGLS 98 |....:...||..::..||.:| |:|::|::|.|.|:|.:|.|.|:|.: SYE_NEIM0 48 RSTAESVNIILDGMKWVGLDYDNAGNVVYQTRRFDRYKEVIAELLEKGDA 97 GLUQ_ECOLI 99 YYCTCTRARIQSI--------GGIYDGHCR-----VLHHGPDNAAVRIRQ 135 |||.|::..:::: ...||...| .|...|......:|. SYE_NEIM0 98 YYCYCSKEELEAMREKAEKEGTATYDRRWRPEAGKTLPEIPAGVQPVVRF 147 GLUQ_ECOLI 136 QHP---VTQFTDQLRGIIHADEKLAREDFIIHRRDGLFAYNLAVVVDDHF 182 :.| ||::||.::|.|....: |.:|.||.|.||...||..|||||:. SYE_NEIM0 148 KTPLDGVTKWTDLVKGEISIPNE-ALDDLIIARADGTPTYNFCVVVDDYD 196 GLUQ_ECOLI 183 QGVTEIVRGADLIEPTVRQISLYQLFGWKVPDYIHLPLALNPQGAKLSKQ 232 .|||.::||.|.:..|.:||::.:..|..:|:|.|||:.||.||.|:||: SYE_NEIM0 197 MGVTHVIRGDDHVNNTPKQINILKAIGATLPEYGHLPMILNEQGKKISKR 246 GLUQ_ECOLI 233 NHAPALPKGDPRPVLI-----------AALQFLGQQAEAHWQD--FSVEQ 269 : || .|.| |.|.:|.:...||..| |::|| SYE_NEIM0 247 S-------GD--TVAITDFGAMGILPEAMLNYLARLGWAHGDDEFFTMEQ 287 GLUQ_ECOLI 270 ILQSAVKNWRLTAVPESAIVNSTFSNASC--------------------- 298 .:: | |..... SYE_NEIM0 288 FIE-----W--------------FDLKDVSPSPSRMDLKKLYWINGEHIK 318 GLUQ_ECOLI 298 -------------------------------------------------- 298 SYE_NEIM0 319 ITPNGKLAELVKPRLALRDIHETEKPALEDVLALVKDRAQDLNTLADECL 368 GLUQ_ECOLI 298 -------------------------------------------------- 298 SYE_NEIM0 369 YFYVKQTPTEADVQKHWDDEAAARMLRFAERLEGLEDWNTEAIHDLFKPF 418 GLUQ_ECOLI 298 ---------------------------------------------- 298 SYE_NEIM0 419 CDEEGIKMGKLGMPLRLAVCGTAKTPSVDAVLALIGKEEVLKRIRA 464 Aln.water GLUQ_ECOLI 9 RFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPPREVPGAAE 58 ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|..|....:.. SYE_NEIM0 6 RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLARSTAESVN 55 GLUQ_ECOLI 59 TILRQLEHYGLHWD--GDVLWQSQRHDAYREALAWLHEQGLSYYCTCTRA 106 .||..::..||.:| |:|::|::|.|.|:|.:|.|.|:|.:|||.|::. SYE_NEIM0 56 IILDGMKWVGLDYDNAGNVVYQTRRFDRYKEVIAELLEKGDAYYCYCSKE 105 GLUQ_ECOLI 107 RIQSI--------GGIYDGHCR-----VLHHGPDNAAVRIRQQHP---VT 140 .:::: ...||...| .|...|......:|.:.| || SYE_NEIM0 106 ELEAMREKAEKEGTATYDRRWRPEAGKTLPEIPAGVQPVVRFKTPLDGVT 155 GLUQ_ECOLI 141 QFTDQLRGIIHADEKLAREDFIIHRRDGLFAYNLAVVVDDHFQGVTEIVR 190 ::||.::|.|....: |.:|.||.|.||...||..|||||:..|||.::| SYE_NEIM0 156 KWTDLVKGEISIPNE-ALDDLIIARADGTPTYNFCVVVDDYDMGVTHVIR 204 GLUQ_ECOLI 191 GADLIEPTVRQISLYQLFGWKVPDYIHLPLALNPQGAKLSKQNHAPALPK 240 |.|.:..|.:||::.:..|..:|:|.|||:.||.||.|:||:: SYE_NEIM0 205 GDDHVNNTPKQINILKAIGATLPEYGHLPMILNEQGKKISKRS------- 247 GLUQ_ECOLI 241 GDPRPVLI-----------AALQFLGQQAEAHWQD--FSVEQILQ 272 || .|.| |.|.:|.:...||..| |::||.:: SYE_NEIM0 248 GD--TVAITDFGAMGILPEAMLNYLARLGWAHGDDEFFTMEQFIE 290 Aln1.needle GLUQ_ECOLI 1 MTDTQYIGRFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPP 50 .....||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|.. SYE_NEIM0 1 ---MTVKTRFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLA 47 GLUQ_ECOLI 51 REVPGAAETILRQLEHYGLHWD--GDVLWQSQRHDAYREALAWLHEQGLS 98 |....:...||..::..||.:| |:|::|::|.|.|:|.:|.|.|:|.: SYE_NEIM0 48 RSTAESVNIILDGMKWVGLDYDNAGNVVYQTRRFDRYKEVIAELLEKGDA 97 GLUQ_ECOLI 99 YYCTCTRARIQSI--------GGIYDGHCR-----VLHHGPDNAAVRIRQ 135 |||.|::..:::: ...||...| .|...|......:|. SYE_NEIM0 98 YYCYCSKEELEAMREKAEKEGTATYDRRWRPEAGKTLPEIPAGVQPVVRF 147 GLUQ_ECOLI 136 QHP---VTQFTDQLRGIIHADEKLAREDFIIHRRDGLFAYNLAVVVDDHF 182 :.| ||::||.::|.|....: |.:|.||.|.||...||..|||||:. SYE_NEIM0 148 KTPLDGVTKWTDLVKGEISIPNE-ALDDLIIARADGTPTYNFCVVVDDYD 196 GLUQ_ECOLI 183 QGVTEIVRGADLIEPTVRQISLYQLFGWKVPDYIHLPLALNPQGAKLSKQ 232 .|||.::||.|.:..|.:||::.:..|..:|:|.|||:.||.||.|:||: SYE_NEIM0 197 MGVTHVIRGDDHVNNTPKQINILKAIGATLPEYGHLPMILNEQGKKISKR 246 GLUQ_ECOLI 233 --NHAPALPKGDPRPVLIAALQFLGQQAEAHWQD--FSVEQILQSAVKNW 278 :.......|....:..|.|.:|.:...||..| |::||.::...... SYE_NEIM0 247 SGDTVAITDFGAMGILPEAMLNYLARLGWAHGDDEFFTMEQFIEWFDLKD 296 GLUQ_ECOLI 279 RLTAVPESAIVNSTFSNASC------------------------------ 298 ...:.....:....:.|... SYE_NEIM0 297 VSPSPSRMDLKKLYWINGEHIKITPNGKLAELVKPRLALRDIHETEKPAL 346 GLUQ_ECOLI 298 -------------------------------------------------- 298 SYE_NEIM0 347 EDVLALVKDRAQDLNTLADECLYFYVKQTPTEADVQKHWDDEAAARMLRF 396 GLUQ_ECOLI 298 -------------------------------------------------- 298 SYE_NEIM0 397 AERLEGLEDWNTEAIHDLFKPFCDEEGIKMGKLGMPLRLAVCGTAKTPSV 446 GLUQ_ECOLI 298 ------------------ 298 SYE_NEIM0 447 DAVLALIGKEEVLKRIRA 464 Aln1.water GLUQ_ECOLI 9 RFAPSPSGELHFGSLIAALGSYLQARARQGRWLVRIEDIDPPREVPGAAE 58 ||||||:|.||.|.:..||.|:..||..:|.:|:||||.|..|....:.. SYE_NEIM0 6 RFAPSPTGYLHIGGVRTALFSWAFARHHKGEFLLRIEDTDLARSTAESVN 55 GLUQ_ECOLI 59 TILRQLEHYGLHWD--GDVLWQSQRHDAYREALAWLHEQGLSYYCTCTRA 106 .||..::..||.:| |:|::|::|.|.|:|.:|.|.|:|.:|||.|::. SYE_NEIM0 56 IILDGMKWVGLDYDNAGNVVYQTRRFDRYKEVIAELLEKGDAYYCYCSKE 105 GLUQ_ECOLI 107 RIQSI--------GGIYDGHCR-----VLHHGPDNAAVRIRQQHP---VT 140 .:::: ...||...| .|...|......:|.:.| || SYE_NEIM0 106 ELEAMREKAEKEGTATYDRRWRPEAGKTLPEIPAGVQPVVRFKTPLDGVT 155 GLUQ_ECOLI 141 QFTDQLRGIIHADEKLAREDFIIHRRDGLFAYNLAVVVDDHFQGVTEIVR 190 ::||.::|.|....: |.:|.||.|.||...||..|||||:..|||.::| SYE_NEIM0 156 KWTDLVKGEISIPNE-ALDDLIIARADGTPTYNFCVVVDDYDMGVTHVIR 204 GLUQ_ECOLI 191 GADLIEPTVRQISLYQLFGWKVPDYIHLPLALNPQGAKLSKQN 233 |.|.:..|.:||::.:..|..:|:|.|||:.||.||.|:||:: SYE_NEIM0 205 GDDHVNNTPKQINILKAIGATLPEYGHLPMILNEQGKKISKRS 247