Учебный сайт Смирновой Виктории

1. Определение положения фрагмента в полной последовательности.
Заданный фрагмент соответствует позициям 158-172 в полной последовательности белка GLUQ_Ecoli:


2. Построение "наилучшего" выравнивания вручную.

• исходные длины 2-х заданных фрагментов - 18 и 20
• длину выравнивания (число колонок) - 20
• вес выравнивания: W = M - nG = 13 - 1*2 = 11
• процент идентичности двух выровненных последовательностей (отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100): 13/20*100 = 65%

3. Поиск первой с N-конца выравнивания "близкородственной" замены а.о. Будем считать близкородственными заменами те, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно.

• ? первой позиции выравнивания, в которой наблюдается близкородственная замена а.о - 10
• полные названия и однобуквенные обозначения поменявшихся а.о: I-V (изолейцин (Ile) - Валин (Val))
• вес такой замены в соответствии с использованной матрицей: 3

Обе аминокислоты, участвующие в рассматриваемой замене - алифатические, друг от друга отличаются всего на одну -CH₂- группу, т. е. их влияние на вторичную структуру белка не должно сильно отличаться.

Ссылки на файлы с выравниванием: alignment1.msf, alignment2.msf.


Дополнительные задания.

1. Определение % сходства выровненных фрагментов.
Процентом сходства будем считать отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%. Сходными буквами будем считать такие, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно. Сходные буквы (кроме автоматически выделенных программой GeneDoc): нет. Значит, % сходства: 15/20*100 = 75%

2. Иное выравнивание 2-х заданных фрагментов с весом не хуже, чем получилось в обязательном упр.2.
Все близкородственные замены, кроме уже составленных, расположены далеко друг от друга, и сдвиг в их сторону нарушает множество других замен и совпадений, поэтому вес получается гораздо ниже. Сдвиг гэпов так же приводит к снижению веса выравнивания. Пример другого, "плохого" выравнивания:

Здесь гораздо меньше совпадений, зато остались только концевые гэпы, которые не штрафуются. Тогда вес: W = M - nG = 10 - 0*2 = 10.

3. Получение с помощью функций Excel из матрицы BLOSUM списка замен.
В приложенном файле показана работа формул на примере выравнивания, выполненного в обязательном задании ?2.
Файл blosum62.xls