Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~sorochkinaa/term2/pattern.html
Дата изменения: Tue May 9 16:03:14 2006
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:53:03 2012
Кодировка: Windows-1251
Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей Главная страница > Второй семестр

Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей


1. Фрагмент выравнивания:
                                                                       
                                            *                          
F A B I _ B U C A I   :   F L L S D L S L G I T G S V I Y V D   :   1 8
F A B I _ B U C B P   :   F L C S D L S K G I T G Q I I Y V D   :   1 8
F A B I _ P S E A E   :   F L C S D L A S G I S G E I L Y V D   :   1 8
F A B I _ E C O L I   :   F L C S D L S A G I S G E V V H V D   :   1 8
F A B I _ H A E I N   :   F L C S D L A S G I T G E I V H V D   :   1 8
                          F L c S D L     G I   G         V D          

2. По данному фрагменту были созданы следующие паттерны:

Результаты поиска в банке данных Swiss-Prot


Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности FLCSDLSAGISGEVVHVD 4 Была найдена только последовательность FABI_ECOLI, которая и была взята в качестве паттерна.
Сильный FL-[LC]-SDL-[SA]-[LKSA]-GI-[TS]-G-[SQE]-[VI]-[ILV]-[YH]-VD 8 Да
Слабый SDL-[SA]-X-GI-X-G 12 Да

Сначала в качестве слабого паттерна использовался следующий:
[LC]-SDL-[SA]-X-GI-X-G-X(3)-[YH]
но при поиске по нему были обнаружены те же самые белки, что и для "сильного" паттерна. Все эти белки являются ортологами FABI_ECOLI, т.к. первой частью их названия является "FABI", они выполняют одну и ту же функцию - NADH-зависимая редуктаза ненасыщенных жирных кислот, ассоциированных с белком-переносчиком. При поиске по второму варианту "слабого" паттерна было найдено 12 белков, но лишь один из них, скорее всего, не является ортологом, а именно BRL1_ARATH (BRI1-подобный предшественник серин/треонин-протеинкиназы).
їСорочкина Александра