Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~sorochkinaa/term2/benchmark_aln.html
Дата изменения: Tue May 30 18:44:05 2006
Дата индексирования: Mon Oct 1 22:15:30 2012
Кодировка: Windows-1251
benchmark_aln Главная страница > Второй семестр

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART


                                                                                                                                                               
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0              
Y J G I _ E C O L I   :   K T V L I L G G S R G I G A A I V R R F V T D - G A N V R F T Y A G S K D A A K R L A Q E T G A - - - T A V F T D S A D R D   :   5 8
H S D _ S T R E X _   :   K T V I I T G G A R G L G A E A A R Q A V A A - G A R V V L A D V L D - - - E - E G A A T A - - - - R E L G D A A R Y Q H L   :   5 3
Q 9 X 9 9 3 _ 9 A C   :   G T V L I T G G T G G L G R S V A R H L V S E H G V R S L L L V S R R - G P A A E G A G E L V A E L R G S G A E V V I E A C   :   6 1
P 9 4 9 9 6 _ M Y C   :   G T V V V T G G T G M A G S A V A T H L V R R H G V A N L V L V S R S - G E Q A D R A A E V A A L L R E G G A Q V A V V S C   :   6 1
Q 8 G N N 0 _ S T R   :   G T A L I T G G T G A L G A L V A R H L V V E H K I R S L V L V S R R - G P D A P G A A D L D A E L T A L G A R V R I V A C   :   6 1
                            T   6 6   G G         G               V                                           A                                                

Первое выравнивание получено из Pfam. Оно является фрагментом эталонного выравнивания для доменов, гомологичных данному (adh_short).
                                                                                                                                                                   
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                  
Q 9 X 9 9 3 _ 9 A C   :   G T V L I T G G T G G L G R S V A R H L V S E H G V R S L L L V S R R - G P A A E G V D A L V A E L A E C G A Q V T V E A C   :       6 1
Q 8 G N N 0 _ S T R   :   G T A L I T G G T G A L G A L V A R H L V V E H K I R S L V L V S R R - G P D A P G A A D L D A E L T A L G A R V R I V A C   :       6 1
P 9 4 9 9 6 _ M Y C   :   G T V V V T G G T G M A G S A V A T H L V R R H G V A N L V L V S R S - G E Q A D R A A E V A A L L R E G G A Q V A V V S C   :       6 1
Y J G I _ E C O L I   :   K T V L I L G G S R G I G A A I V R R F V T D G A N V R F T Y A G S K - D A A K R L A Q E T G A T A V F T D S A D R D A V I   :       6 1
H S D _ S T R E X     :   K T V I I T G G A R G L G A E A A R Q A V A A G A R V V L A D V L D E E G A A T A R E L G D A A R Y Q H L D V T I E E D W Q   :       6 2
                            T v 6 6 t G G         G       a r     V               l     v         g                     A                                          

Второе выравнивание построено с помощью программы ClustalW.
- число колонок во фрагменте из SMART - 62
- число колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf - 23.
Красным цветом выделены фрагменты, находящиеся в benchmark. Зеленым - совпавшие колонки.
©Сорочкина Александра