Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~sorochkinaa/term2/tree.html
Дата изменения: Tue May 30 15:41:15 2006
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:23:41 2012
Кодировка: Windows-1251
Tree Главная страница > Второй семестр

Филогенетические деревья, реконструированные различными способами


Эталонное выравнивание доменов семейства


                                                                                                                                                               
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0              
Y J G I _ E C O L I   :   K T V L I L G G S R G I G A A I V R R F V T D - G A N V R F T Y A G S K D A A K R L A Q E T G A - - - T A V F T D S A D R D   :   5 8
H S D _ S T R E X _   :   K T V I I T G G A R G L G A E A A R Q A V A A - G A R V V L A D V L D - - - E - E G A A T A - - - - R E L G D A A R Y Q H L   :   5 3
Q 9 X 9 9 3 _ 9 A C   :   G T V L I T G G T G G L G R S V A R H L V S E H G V R S L L L V S R R - G P A A E G A G E L V A E L R G S G A E V V I E A C   :   6 1
P 9 4 9 9 6 _ M Y C   :   G T V V V T G G T G M A G S A V A T H L V R R H G V A N L V L V S R S - G E Q A D R A A E V A A L L R E G G A Q V A V V S C   :   6 1
Q 8 G N N 0 _ S T R   :   G T A L I T G G T G A L G A L V A R H L V V E H K I R S L V L V S R R - G P D A P G A A D L D A E L T A L G A R V R I V A C   :   6 1
                            T   6 6   G G         G               V                                           A                                                

Рабочая книга
Скобочная структура имеет следующий вид: (((Q8GNN0_STRHY:16,Q9X993_9ACTO:16):8,P94996_MYCTU:24):47.5,(YJGI_ECOLI:46.5,HSD_STREX:46.5):47.5);

Графическая визуализация UPGMA-дерева


Drawtree Drawgram

Деревья указывают на следующий ход эволюционного процесса. Предковая последовательность дала начало двум. От первой из них произошли белки YIGI_ECOLI и HSD_STREX. Вторая дала начало белку P94996_MYCTY и еще одной предковой последовательности, от которой произошли Q8GNN0_STRHY и Q9X993_9ACTO.
Однако достоверность подобной реконструкции филогенетического дерева вызывает сомнения. Таксономическое родство организмов, в которых содержатся данные белки, следующее:
- YJGI_ECOLI относится к Proteobacteria, остальные белки - к Actinobacteria;
- HSD_STREX относится к семейству Mycobacteriaceae, остальные белки - к семейству Streptomycineaceae и роду Streptomyces.
Дерево могло бы в точности отражать таксономическое родство между организмами, если бы белок HSD_STREX находился рядом с Q8GNN0_STRHY и Q9X993_9ACTO (т.к. эволюционное расстояние между представителями одного рода не может быть больше, чем между представителями Proteobacteria и Actinobacteria).

Построение дерева методом ближайших соседей


Drawtree Drawgram

Два дерева, построенные по методу ближайших соседей, по-разному реконструируют ход эволюционного процесса. Для неукоренного и укорененного деревьев реконструкция является соответственно следующей:
- предковая последовательность дала начало двум другим. От одной из них произошли YIGI_ECOLI и HSD_STREX. От другой произошли P94996_MYCTY и еще одна предковая последовательность. Последняя дала начало Q9X993_9ACTO и Q8GNN0_STRHY.
- предковая последовательность дала начало Q9X993_9ACTO, Q8GNN0_STRHY и другой предковой последовательности. От последней произошли P94996_MYCTY и еще одна предковая последовательность. От последней произошли белки YIGI_ECOLI и HSD_STREX.
Неукорененные деревья UPGMA и построенное методом ближайших соседей одинаково, у неукорененных наблюдаются различия. Но ход эволюции, который реконструирует последнее дерево (т.е. второй вариант) также является недостоверным. Вызывает сомнения малое расстояние между YJGI_ECOLI и HSD_STREX и большое - между YJGI_ECOLI и представителями рода Streptomyces.
їСорочкина Александра