Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~serge2006/DNA_protein/DNA_protein.html
Дата изменения: Sun Feb 3 03:06:02 2008 Дата индексирования: Mon Oct 1 22:19:33 2012 Кодировка: Windows-1251 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
назад | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1. Заданный PDB-код: 1L3T [DNA_pol_A (DNA polymerase family A)]. Скачать из банка соответствующий PDB-файл: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1L3T. Direct pdb download link: http://www.rcsb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=1L3T. Если оказалось, что в структуре одна цепь ДНК, хотя ожидается две, необходимо скачать биологическую единицу данного комплекса с сайта PDB. 1L3T is a 10 base pair protein-DNA product complex, produced by placing a crystal of the 9 base pair complex (1L3S) in a stabilization solution containing dTTP 2. Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты За полярный контакт принимается пара полярных атомов, расположенных на расстоянии до 3.5A. За неполярный контакт принимается пара неполярных атомов, один из которых расположен в гидрофобной аминокислоте, на расстоянии не более 4.5A. Обрабатывался оригинальный PDB файл (в нем нуклеотиды обозначаются не A,T,G,C, а DA,DT,DG,DC и используется ', а не * в "названиях" атомов). Скрипт pdb_show.scr позволяет сначала увидеть необходимые множества атомов (вызуально проверить правильность скрипта, а потом, выполняя поочередно команды select t# (# - цифры от 1 до 8), записать число атомов, предположительно образующих контак соответствующего типа (см. описание внутри файла скрипта). Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1L3T.
ДНК в структуре похожа на B-форму, видимо поэтому неспецифичных связей белка с сахаро-фосфатным остовом в два раза больше, чем более специфичных связей с азотистыми основаниями. Большинство контактов образуется (возможно) между сахаром и белком, а такие контакты не особо специфичны. Вероятно, это связано с тем, что данный белок - ДНК-полимераза I (семейство А), а а ее функции не связанны с жесткой специфичностью к последовательности азотистых оснований. 3. Специфические контакты, обеспечивающие узнавание сайта в молекуле ДНК. Поиск специфических взаимодействий в основном с азотистыми основаниями. Полярное, например ARG615 (:A) - T29 (:B), C5 (:C): Гидрофобное, например TYR714 (:A) - T3, A4 (:C): 4. Описание функций исследованного белка
Таким образом было установлено, что TYR714 полностью консервативен, а ARG615 консервативен на 75% (в выравнивании из 12 последовательностей). В выравнивании из 1000 последовательностей обе эти аминокислоты остаются сильноконсервативными. Это выравнивание в формате msf: align.msf. Упрощенный вариант с формате html: align.html. 5. Построение схемы контактов белка с ДНК Программа nucplot предназначена для визуализации контактов между ДНК и белком. Программа работает только с конвертированным форматом pdb. Для конвертации можно использовать скрипт new2old (format: new2old xxxx.pdb xxxx.ent). Команда: nucplot 1L3T.ent. Среди выдачи программы будет файл nucplot.ps, его нужно конвертировать в *.pdf. Получившийся файл (переименован): 1L3T_nucplot.pdf. Схема контактов: Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1L3T по данным nucplot.
На схеме присутствует полярный контакт (с ARG615), рассмотренный в задании 3. Интересными выглядят T24 и G28 - они образуют 4 и 5 nonbonded контактов соответственно, и, вероятно, играют существенную роль в узнавании фрагмента ДНК белком. Программой nucplot найдено меньше связей, чем скриптом в расмоле потому, что в nucplot на Nonbonded contact to DNA (< 3.35A). В RasMol же пределом гидрофобных взаимодействий было 4.5A. Еще, судя по лог-файлу, больше 40 атомов из нуклеотидов не распознано программой; их бОльшая часть - OP?, которые участвуют в образовании полярных контактов с остатками фосфорной кислоты. Для лучшего понимания, что такое "Nonbonded contact to DNA (< 3.35A)", был изучен файл (также из выдачи программы) 1L3T.bond. В нем отмечен второй пример из задания 3 (TYR A 714 CB T C 3 C2* 3.20). Видимо, Nonbonded contact - это пары атомов, расположенных в пределах указанного расстояния (<3.35A), между которыми нет ковалентных связей (водородных): например, связи с металлом. Скорее всего это электростатические и Ван дер Ваальсовые взаимодействия. 1. назад |
© Serge I. Mitrofanov, 2007 | Последнее обновление: 02.02.2008 |