Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~podkovkina/tr4pr3.html
Дата изменения: Fri Mar 21 20:07:40 2008
Дата индексирования: Mon Oct 1 20:05:18 2012
Кодировка: Windows-1251
Филогенетические деревья

Филогенетические деревья

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа


Файл, содержащий все последовательности листьев в фаста-формате был подан на вход программе fseqboot( для создания 100 бутстреп-реплик выравнивания)
Команда fseqboot list.fasta -auto
После чего полученный файл(list.fseqboot), содержащий 100 выравниваний, был подан на вход программе fdnaml) Данная программа выдала файл, содержащий 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям , сделанным по каждому выравниванию. После чего была запущена программа fconsense, которая выдала файл, содержащий изображение консенсусного дерева: 

                       +------f
                +100.0-|
         +-77.0-|      +------e
         |      |
  +------|      +-------------d
  |      |
  |      |             +------b
  |      +--------94.0-|
  |                    +------A
  |
  +---------------------------c
В данном консенсусном дереве 2 особо часто встречающиеся ветви( одна- 100% ,другая- 94%).Такие же ветви присутсвуют и в исходном дереве. Другая же ветвь встречалась лишь в 77% случаев, но она так же присуствует в исходном дереве.В результате исходное дерево и консенсусное дерево одинаковы по топологии. Т.о. мы получили полностью сходное с исходным по топологии, но бескорневое дерево. При помощи бутстреп-анализа мы практически полностью подтвердили правильность и достовнрность построения исходного дерева.

Изображение филогенетического дерева в графическом формате

Файл, содержащий скобочную формулу заданного дерева, был подан на вход программе fdrawtree( выходному файлу был передано расширение .ps) Выходной файл содержал изображение данного дерева.
На выходе получилось изображение мого неукорененное дерева , разбиение ветвей которого совпадает с исходным

вернуться на страницу четвертого семестра

главная страница

©Подковкина Анна