Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~ogion/projects/NucAcids/Homolog.htm
Дата изменения: Wed Mar 5 00:47:01 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:14:18 2012
Кодировка: Windows-1251
Alex Makarov. Personal Page. Homologs search.
Последовательности нуклеиновых кислот
Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности
GO TO:
Определение наиболее вероятной тРНК, использованной рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка HEMN_ECOLI
 Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка HEMN_ECOLI Q
 Соответствующий кодон в гене hemN 5'-caG-3'
 Идеальный антикодон 5'-Cug-3'
 Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка X
(если опираться на генетический код)?		  2
 Сколько тРНК для остатка Gln(Q) аннотировано в геноме кишечной палочки?  4
 Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
 название гена  glnX
 координаты гена в записи EMBL  complement(695653..695727)-
соответвует первой
находке "grep"
 антикодон  cug

Команда для поиска всех глутаминовых тРНК:
grep -n "anticodon.*Gln" ecoli.embl
Результат: 
15970:FT                   /anticodon=(pos:695693..695695,aa:Gln)
15982:FT                   /anticodon=(pos:695805..695807,aa:Gln)
16007:FT                   /anticodon=(pos:696019..696021,aa:Gln)
16020:FT                   /anticodon=(pos:696128..696130,aa:Gln)
Поиск гомологичных glnX - тРНК в геноме архебактерии Pyrococcus furiosus
Программа FastA BLASTN MegaBLAST Discontigous
MegaBLAST
Число находок с Е-value < 0,001  1  0  0  0
Характеристика лучшей находки:
  E-value находки  0.00088  5.8  -  -
  Номер сектора генома  116  159  -  -
  AC соответствующей записи EMBL  AE010241  AE010284  -  -
  координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL  2289-2343  4109-4124  -  -
Аннотация лучшей находки по EMBL
  tRNA Asn anticodon GTT - трнк другой аминокислоты, с другим антикодоном(!)  tRNA Val anticodon TAC - трнк к другой аминокислоты, с другим антикодоном(!)  -  -
Как видно ни одна из программ не нашла нужной тРНК. Тем не менее наилучшим образом сработала программа FastA: количество находок больше чем в остальных программах (что может быть связанно с наименьшей (по сравнению с другими программами) длинной якоря - 6.), и среди них есть находки с довольно низким Ожиданием.
Знакомый по предыдущему занятию BLASTN выдал несколько находок, ожидание каждой из которых было чудовищно велико, и ни одна из этих находок не соответствовала нужной тРНК. Что было ожидаемо ибо длинна якоря слишком велика - 11н - что не дает возможности программе искать удаленные гомологи.
Остальные программы не справились с задачей совсем - не было ни одной находки - так же, возможно, из-за слишком большой длинны якоря. Более подробно разобрать как и почему так происходит возможности нет из-за отсутсвия хоть каких-либо результатов.
Скорее всего последние три программы создавались с изначально другой целью - поиска близких выравниваний, что делает их малоприменимыми в данной задаче.
© designed by Alex Makarov