A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~megabotan/term3/text/analysis.html
Дата изменения: Tue Oct 5 23:01:49 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:08:30 2012
Кодировка: Windows-1251

A- и В- формы ДНК. Структура РНК head

первый семестр второй семестр главная страница

A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 2

1gts - Разрывов нет
1pp8 - Есть разрывы, изза того, что структура действительно содержит несколько фрагментов.

Задание 3

Упражнение 1

В сторону большой бороздки обращены атомы t11.o4, t11.c5m
В сторону малой бороздки обращены атомы t11.o2
Остальные атомы основания t11.n1,t11.c2,t11.n3,t11.c4,t11.c5,t11.c6

Упражнение 2

	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28,01	33,75	44,2
Число оснований на виток	12	11	12
Ширина большой бороздки	16,81	17,21	7,20
Ширина малой бороздки	7,98	11,69	7,20

Упражнение 3
Сравнение торсионных углов в А- и B- формах

Углы	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
А-форма Презентация	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
А-форма RasMol	-51.71	174.79	41.72	79.08	-147.78	-75.12	-157.20
B-форма Презентация	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117
B-форма RasMol	-29.87	136.38	31.10	143.42	-140.77	-160.52	-97.95

Задание 4

Упражнение 1

углы почти не отличаются
Структура тРНК больше похожа на структуру А-формы

Углы	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
A-форма RasMol	-51.71	174.79	41.72	79.08	-147.78	-75.12	-157.20
Углы самого кривого нуклеотида 4G strand I	171.8	-172.1	172.4	81.2	-131.2	-73.7	-176.5

Упражнение 2

Акцепторный стебель - 5' 2-7 3' и 5' 66-71 3'
T-стебель - 5' 49-53 3' и 5' 61-65 3'
D-стебель - 5' 10-12 3' и 5' 23-25 3'
Антикодоновый стебель - 5' 26-33 3' и 5' 37-44 3'
U-**--A, A-*---U, A-**--U, G-**+-C - канонические пары, но неканоническое взаимодействие
U-**+-G, U-*---U, C-*---A, A-**+-A - неканонические пары
Есть дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру - 19G-C56, 54U-A58, 55U-G18, 13A-A45, 14A-U8, 15G-C48

Упражнение 3
Стекинг-взаимодействие