SCOP и CATH

 
В моей записи PDB 1FL2 содержится два домена белка ahpF: PF00070 и PF00992 согласно Pfam.

Описание домена PF00992 по данным SCOP:
- положение в структуре: цепь A, координаты 212-325, 452-451
- классификация: 
	класс: альфа и бета белки
	укладка: ФАД/НАД(Ф)-связывающий домен (1 суперсемейство)
	суперсемейство: ФАД/НАД(Ф)-связывающие домены (8 семейств)
	семейство: ФАД/НАД-связанные редуктазы, N-концевые и центральные домены
	
Описание домена PF00070 по данным SCOP:
- положение в структуре: цепь A, координаты 326-451
- классификация: -//- (дупликация: оба домена имеют одинаковую укладку и функции)

Описание домена PF00992 по данным CATH:
- положение в структуре: цепь A, координаты 212-326, 451-521
- классификация: 3.50.50.60.10.1.1.1.1
	класс: альфа и бета белки
	архитектура: 3хслойный(bba) сэндвич
	топология: ФАД/НАД(Ф)-связывающий домен (1 суперсемейство)
	суперсемейство: 3.50.50.60 (61 семейство)
	семейство:  3.50.50.60.10

Описание домена PF00070 по данным CATH:
- положение в структуре: цепь A, координаты 327-450
- классификация: 3.50.50.60.10.1.1.1.1
	класс: альфа и бета белки
	архитектура: 3хслойный(bba) сэндвич
	топология: ФАД/НАД(Ф)-связывающий домен (1 суперсемейство)
	суперсемейство: 3.50.50.60 (61 семейство)
	семейство:  3.50.50.60.43

Домены выделены практически одинаково. Классификации в SCOP и CATH отличаются тем, что в CATH  суперсемейство включает больше семейств,
а сами семейства распределены по степени гомологии структур (35%, 60%, 95%, 100%). Один из доменов белка GDI (ингибитор ГТФ/ГДФ обмена, в базе
SCOP причисляемый к тому же суперсемейству, что и ahpF) по данным CATH принадлежит к другому классу и собственному суперсемейству. 
В классификации SCOP указывается, что доменная организация белка похожа на ту, что характерна для ФАД-связанных редуктаз, хотя он не связывает ФАД. 
При этом расположение доменов GDI, указанное в CATH, отличается от данных SCOP, хотя координаты совпадают для одного из двух (в CATH - трех) 
повторяющихся доменов рассматриваемого типа.

Я также сравнила домены одной топологии (ортогональная упаковка, днк-связывающий домен-репрессор), но принадлежащих к разным семействам 
из записей PDB 1BDH и 1HQ1. Несмотря на общую топологию, домены совмещаются командой align только по одной короткой альфа-спирали.

	

1BDH - белый, 1HQ1 - зеленый. 
На первом рисунке пространственное выравнивание.
На втором рисунке показан комплекс днк-белок из 1HQ1, выровненная альфа-спираль - красная. 
В рассматриваемых нами комплексах выровненная структура расположена по-разному относительно днк, т.е. вряд ли это выравнивание имеет биологический смысл.