Трансмембранные белки

 
Я получила выравнивание последовательности белка FIEF_Ecoli c PDB ID=3h90
с его приведенной в PDB структурой. Последовательность в PDB-файле короче, но нумерация соблюдена (начинается с 8го а.о).
С помощью программы needle пакета EMBOSS я получила глобальное выравнивание белка FIEF_Ents8 c белком-прототипом FIEF_Ecoli.
ИЗ базы данных OPM я получила информацию о 6 траснмембранных доменах белка FIEF_Ecoli. 
Cервер TMHMM также предсказывает наличие 6 трансмембранных спиралей
Известные данные c предсказанием я соотнесла на выравнивании.

  
Результаты предсказания топологии мембранного белка FIEF_Ecoli 
  

    

      
 
      
 Число а.к. остатков 
    

    

      
Всего а.к. остатков 
      
300
    
    

      
Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего) 
      
130
    

    

      
Правильно предсказали (true positives, TP) 
      
90
    
    

      
Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP) 
      
40
    

    

      
Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN) 
      
159
    
    

      
Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN) 
      
11
    

    

      
Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)
      
0.891
    
    

      
Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)  

      
0.799
    
    

      
Точность(precision) = TP /(TP+FP)
      
0.692
    
    

      
Сверхпредсказание  = FP/ (FP+TP)

      
0.308
    
    

      
Недопредсказание = FN / (TN+FN)
 
0.065
    
  
в виде текстового файла *
скрипт на языке perl, с помощью которого получен результат.
Скрипт подходит для тех белков, для которых в выравниваниях последовательности и структуры в PDB
нет гэпов в середине, а только сдвиги первого атома.

Несмотря на то, что предсказано столько же т-м. спиралей, сколько есть на самом деле, пятый из предсказанных доменов
совсем не совпадает с истинным, а 5 из 6 предсказанных участков длиннее, чем настоящие. Из-за этого у нас довольно 
высокое сверхпредсказание, пострадали точность и специфичность.
Тем не менее "плюсы" на выравнивании никогда не противолежат "минусам", т.е. ориентация петель предсказана верно.
В процессе написания скрипт был опробован на некоторых других трансмембранных белках, включая родопсин (PDB ID=3cap)
Выдача указывает на высокие характеристики предсказания в данном случае. То есть TMHMM может давать и весьма точные результаты.