Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~igogo/Term4/KEGG.html
Дата изменения: Sat Mar 31 19:39:21 2007
Дата индексирования: Mon Oct 1 20:33:07 2012
Кодировка: Windows-1251
KEGG

Метаболические пути. KEGG.


На главную страницу четвертого семестра

Задача - определить, существует ли заданный фрагмент метаболических путей.

  1. Поиск графических формул и идентификаторов заданных низкомолекулярных веществ в KEGG.

    Исследуемый процесс - деградация треонина до пирувата.
    На главной страничке Биоинформатического Центра Института Химический Исследований Университета Киото найдена ссылка на БД химических соединений и реакций: LIGAND → COMPOUND (содержит структуры низкомолекулярных веществ, участвующих в биохимических процессах) → поле запроса. Поиск ведется по названию вещества (threonine и pyruvate - начальное и конечное вещества метаболического пути). В результате поиска выдается список ссылок на документы, содержащие информацию о искомом веществе и различных его производных. Полученные записи для двух веществ:

    Название вещества Название вещества (английский вариант) Идентификатор документа Изображение
    треонин threonine
  2. L-Threonine;
  3. 2-Amino-3-hydroxybutyric acid
  4. C00188

    пируват pyruvate
  5. Pyruvic acid;
  6. 2-Oxopropanoate;
  7. 2-Oxopropanoic acid;
  8. Pyroracemic acid
  9. C00022

    Кроме этой информации, в найденных документах содержится информация о трехмерной структуре вещества; брутто-формула (поле Formula); молекулярная масса (поле Mass); приведены списки химических реакций (поле Reaction), метаболических путей (Pathway) с участием данного вещества; есть списки ферментов ( Enzyme ), работающих с веществом; приводятся ссылки на другие БД.

  10. Поиск метаболического пути. Выделение цветом пути превращения заданных веществ.

    На главной страничке выбирается ссылка на таблицу-оглавление ("Table of contents"). В оглавлении выбирается программа "Color objects in pathways" (поле KEGG Pathway)- программа для раскрашивания объектов на метаболических картах. В поле запроса вводятся найденные идентификаторы соединений с указанием, что нужно отметить их красным цветом:

    cpd:C00022 red
    cpd:C00188 red
    В результате выдается список карт метаболических путей, в которых задействованы оба указанных соединения. Интересующий путь - map00260 Glycine, serine and threonine metabolism (треонин и пируват на карте отмечены красным; стрелочки в схеме направлены в обе стороны).

    Hа карте найдена цепочка ферментативных реакций для заданного превращения ("превращение" треонина в пируват). Кратчайший путь между данными веществами включает в себя три стадии (см. далее). Необходимо выделить желтым цветом на карте те ферменты, которые катализируют реакции рассматриваемого пути. Для этого составляется такой запрос:

    ec:4.1.2.5 yellow
    ec:2.1.2.1 yellow
    ec:4.3.1.17 yellow
    ec:4.3.1.19 yellow
    cpd:C00022 red
    cpd:C00188 red

    Итак, далее приводится

    фрагмент метаболической карты map00260 (= метаболизм глицина, серина, треонина), отражающий кратчайший путь деградации треонина до пирувата:

    Вот еще фрагмент все той же карты, но содержащий все реакции "в окружении":

  11. Исследование выбранного метаболического пути.

    Итак, для бактерий выбранный путь оказался "реальным"; в случае человека и археи - неосуществимым из-за отсутствия ряда ключевых ферментов. Однако это не свидетельствует о том, что, к примеру, у человека, деградация треонина до пирувата невозможна. Просто путь такой деградации может быть и другим (с участием других ферментов); либо нужно учитывать, что реконструкция метаболических путей - второй этап аннотации, он следует после аннотации конкретных генов, и поэтому может запаздывать.

    (механизм (! в сущности тот же), приведенный в "Биохимии человека" Р.Марри, Д.Греннер, П.Мейес, В.Родуэл; изд-во "Мир")

їNADEZDA TUKHTUBAEVA,2007