Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~gosha-x/term2/srs.html
Дата изменения: Mon Mar 8 12:49:06 2010
Дата индексирования: Mon Oct 1 20:38:29 2012
Кодировка: Windows-1251
Поисковые системы

Работа с поисковыми системами SRS, MRS, UniProt

I Задание
Ссылка на мой белок Дизайн Поиск Особенности последлвательности
(features)
Информация о последовательности
(sequence information)
MRS Дизайн простой. Есть возможность поменять дизайн. Самый "локаничный" из трех. Мало ссылок на другие странички сайта. Поиск позволяет искать только по нескольким базам данным. Других функций нет. Есть информация о вторичной структуре белка (α-спирали,β-листы, домены). Так же указаны длина стуктуры и от какого до какого а.о. идет эта структура. При наведении на строку структуры, в поле sequence information подчеркиваються а.о., которые находяться в данной структуре(что очень удобно). Иллюстраций нет. Последовательность записана в декады а.о. Декады записаны в 6 столбцов (формат PIR)
SRS
Дизайн средний. Самый подробный. Множество ссылок на улучшение точного поиска. Множество различных страниц, функций, настроек(выбор автора, года, ID, базы данных, поиск по статьям и т.д.) позволяющих сделать поиск очень точным и удобным. Содержит такую же информацию, как и на MRS. Содержит красочную иллюстрацию, позволяющая легко понять строение вторичной структуры белка.( еще удобнее =) ) Позволяет смотреть последовательность в различных форматах.
UniProt Дизайн самый лучший. Количество ссылок среднее. Поиск чуть подробнее, чем в MRS, но до поиска в SRS еще далеко. Содержит информацию о вторичной структуре, но меньше чем SRS и MRS. Так же как и SRS содержит иллюстрацию о вторичной структуре белка. Позволяет просмотреть последовательность только в двух форматах: FASTA,PIR.

II Задание
а) Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
Найдено 8 таксонов начинающихся на "gam":
gambusia, gammacoronavirus, gammaherpesvirinae, gammalipothrixvirus, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea
б) Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
Гамма-протеобактерии=gammaproteobacteria
в) Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
120605 записи

III Задание

Запросы, позволяющие найти белки выполняющих функцию, сходную с функцией белка THIO_Bacsu

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
Participates in various redox reactions ((((([swissprot-AllText:Participates*] & [swissprot-AllText:in*]) & [swissprot-AllText:various*]) & [swissprot-AllText:redox*]) & [swissprot-AllText:reactions*]) | [swissprot-AllText:Participates in various redox reactions* ]) 167
Participates in various redox reactions through the reversible oxidation of its active center dithiol to a disulfide ((((((((((((((((([swissprot-AllText:Participates*] & [swissprot-AllText:in*]) & [swissprot-AllText:various*]) & [swissprot-AllText:redox*]) & [swissprot-AllText:reactions*]) & [swissprot-AllText:through*]) & [swissprot-AllText:the*]) & [swissprot-AllText:reversible*]) & [swissprot-AllText:oxidation*]) & [swissprot-AllText:of*]) & [swissprot-AllText:its*]) & [swissprot-AllText:active*]) & [swissprot-AllText:center*]) & [swissprot-AllText:dithiol*]) & [swissprot-AllText:to*]) & [swissprot-AllText:a]) & [swissprot-AllText:disulfide*]) | [swissprot-AllText:Participates in various redox reactions through the reversible oxidation of its active center dithio l to a disulfide*]) 2
Catalyzes dithiol-disulfide exchange reactions (((([swissprot-AllText:catalyzes*] & [swissprot-AllText:dithiol-disulfide*]) & [swissprot-AllText:exchange*]) & [swissprot-AllText:reactions*]) | [swissprot-AllText:catalyzes dithiol-disulfide exchange rea ctions*]) 121
Catalyzes dithiol-disulfide exchange reactions, participates in various redox reactions (((((([swissprot-AllText:participates*] & [swissprot-AllText:in*]) & [swissprot-AllText:various*]) & [swissprot-AllText:redox*]) & [swissprot-AllText:reactions*]) | [swissprot-AllText:participates in various redox reactions* ]) & (((([swissprot-AllText:catalyzes*] & [swissprot-AllText:dithiol-disulfide*]) & [swissprot-AllText:exchange*]) & [swissprot-AllText:reactions*]) | [swissprot-AllText:catalyzes dithiol-disulfide exchange rea ctions*])) 121
IV Задание
Последовательности а.о. белков, найденных по последнему запросу, в формате Fasta
Дополнительные задания
V Задание
Мною была найдена 1 статья об моем белке.
Запрос:
Years: 2008|2009|2010
AllText: 2VOC
(Строка запроса: ([medline-AllText:2VOC*] & (([medline-Year#2008:2008] | [medline-Year#2009:2009]) | [medline-Year#2010:2010])) )
VI Задание
В ответ на мой запрос о статьях, опубликованных А.А.Нейфахом в 1970-е годы, было найдено 27 статей.
Запрос:
Authors: Ne**fa**,A.A.
Year: 1970:1979
(Строка запроса: ([medline-Authors:Ne**fa**,A.A.*] & [medline-Year#1970:1979]) )
Интересующие темы для автора: РНК в процессе митоза, синтез рибосомных белков, альдогаза, Выражение генов в гибридных рыбах, различные изменения в ядра, РНК

Вернуться на страничку 2 семестра
© Сливко-Кольчик